| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 366,756 | A→G | 42.4% | R212R (CGT→CGC) | fepA ← | iron‑enterobactin outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 366,756 | 0 | A | G | 42.4% | 30.0 / 81.8 | 106 | R212R (CGT→CGC) | fepA | iron‑enterobactin outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/26); new base G (31/14); total (66/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGCACCTTCCTC > minE/366692‑366824 | cgGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGa < 1:3334323/69‑1 (MQ=255)cgGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGa < 1:1609678/69‑1 (MQ=255)cgGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGa < 1:2756882/69‑1 (MQ=255)cgGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGa < 1:1496939/69‑1 (MQ=255)cgGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGa < 1:390190/69‑1 (MQ=255)cgGACTGATGGCCCTGGTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGa < 1:1876067/69‑1 (MQ=255) gTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGc > 1:1877989/1‑56 (MQ=255) gTTGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATtcgtcg > 1:2289520/1‑67 (MQ=255) tGATATCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCa > 1:2696990/1‑69 (MQ=255) 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tatCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAg > 1:1717029/1‑67 (MQ=255) atCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCgg > 1:2664755/1‑69 (MQ=255) atCCCACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCgg > 1:3149978/1‑69 (MQ=255) ccACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGAcc > 1:1339088/1‑69 (MQ=255) ccACGCGTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGAcc > 1:1224202/1‑69 (MQ=255) cgcgTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCg > 1:1184544/1‑67 (MQ=255) cgcgTCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCg > 1:1494290/1‑67 (MQ=255) tCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCa > 1:2143057/1‑67 (MQ=255) tCAGCCTGGGTTTTGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAg > 1:1671853/1‑68 (MQ=255) ttttGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGt > 1:1230267/1‑66 (MQ=255) ttttGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGt > 1:1292056/1‑66 (MQ=255) ttttGTCGAGGTTGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGt > 1:861800/1‑66 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCTGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:2508693/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:2615613/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:2073992/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:2677736/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:1611992/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:2679732/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:3366421/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:3409524/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:632399/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:2741552/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:1727065/68‑1 (MQ=255) gTCGAGGTTGCCATACAAGCGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTGAAGTTGGTGc < 1:1452538/68‑1 (MQ=255) tGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTtggtgg > 1:3220346/1‑69 (MQ=255) tGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTtggtgg > 1:1406632/1‑69 (MQ=255) tGCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTtggtgg > 1:2683503/1‑69 (MQ=255) gCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGc < 1:2869796/69‑1 (MQ=255) gCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGc < 1:233895/69‑1 (MQ=255) gCCATACAAACGGAAGCTGAATTCGTCGCCCAGCGGACCGGTCAGGCTAAAGTTAGTGCGTTTGGTGGc < 1:2383455/69‑1 (MQ=255) 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minE/366692‑366824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |