| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 42,766 | C→T | 37.2% | A303A (GCC→GCT) | fixC → | predicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 42,766 | 0 | C | T | 37.2% | 39.4 / 39.8 | 67 | A303A (GCC→GCT) | fixC | predicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/17); new base T (9/16); total (34/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
CCGGAAGCAGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGCCGCCGG > minE/42701‑42828 | ccGGAAGCAGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATgccgc > 1:302813/1‑68 (MQ=255)ccGGAAGCAGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATgccgc > 1:1569251/1‑68 (MQ=255) aGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAAtgtg < 1:1441586/69‑1 (MQ=255) aGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAAtgtg < 1:2157405/69‑1 (MQ=255) aGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAAtgtg < 1:1422982/69‑1 (MQ=255) aGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAAtgtg < 1:3259785/69‑1 (MQ=255) aGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAAtgtg < 1:338713/69‑1 (MQ=255) aGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAAtgtg < 1:418042/69‑1 (MQ=255) aGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAAtgtg < 1:478838/69‑1 (MQ=255) ggCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAAtgtg > 1:1121726/1‑68 (MQ=255) cAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGa > 1:2774243/1‑68 (MQ=255) aaCATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGaa > 1:1077647/1‑68 (MQ=255) aaCATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAAc > 1:3385772/1‑69 (MQ=255) aaCATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAAc > 1:3029108/1‑69 (MQ=255) aaCATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAAc > 1:878495/1‑69 (MQ=255) aaCATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAAc > 1:2553418/1‑69 (MQ=255) aaCATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAAc > 1:1713021/1‑69 (MQ=255) aaCATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAAc > 1:2523678/1‑69 (MQ=255) ggAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTAc < 1:2550456/69‑1 (MQ=255) ggAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTAc < 1:3143949/69‑1 (MQ=255) gttggttgGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCAt > 1:974157/1‑69 (MQ=255) gttggttgGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCAt > 1:1659679/1‑69 (MQ=255) gttggttgGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCAt > 1:1021848/1‑69 (MQ=255) aCGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATgg < 1:1747779/69‑1 (MQ=255) aCGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATgg < 1:449572/69‑1 (MQ=255) aCGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATgg < 1:1504846/69‑1 (MQ=255) aCGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATgg < 1:2259885/69‑1 (MQ=255) aCGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATgg < 1:2258523/69‑1 (MQ=255) ggCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGa > 1:2646019/1‑68 (MQ=255) ttgattgCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTcg > 1:3171125/1‑53 (MQ=255) ttgattgCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATgg > 1:2977801/1‑61 (MQ=255) ttgattgCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGa > 1:2962907/1‑62 (MQ=255) ttgattgCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCg > 1:2411732/1‑69 (MQ=255) ttgattgCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCg > 1:2538075/1‑69 (MQ=255) ttgattgCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCg > 1:2874485/1‑69 (MQ=255) ttgattgCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGCATCTGGCg > 1:1117344/1‑69 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:3062909/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:1717017/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:1421641/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:3302050/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:3344750/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:1341339/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:1248551/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:487897/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:746726/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:932251/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:173447/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:2216436/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:2141176/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:2698930/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:2764049/68‑1 (MQ=255) gattgCCGGTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGa < 1:2750400/68‑1 (MQ=255) gTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGa > 1:1517225/1‑52 (MQ=255) gTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGccgccg > 1:3043631/1‑69 (MQ=255) gTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGccgccg > 1:2100244/1‑69 (MQ=255) gTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGccgccg > 1:1239658/1‑69 (MQ=255) gTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGccgccg > 1:2054935/1‑69 (MQ=255) gTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGccgccg > 1:1921733/1‑69 (MQ=255) gTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGccgccg > 1:313598/1‑69 (MQ=255) gTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGccgccg > 1:1644224/1‑69 (MQ=255) gTGATGCTGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGccgccg > 1:3047868/1‑69 (MQ=255) tGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGCCGCCgg < 1:1858045/69‑1 (MQ=255) tGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGCCGCCgg < 1:744465/69‑1 (MQ=255) tGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGCCGCCgg < 1:1715674/69‑1 (MQ=255) gATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGCCGCCgg > 1:1144161/1‑68 (MQ=255) aTGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATTGATCTGGCGa > 1:2661321/1‑57 (MQ=255) aTGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGCCGCCgg > 1:2637962/1‑67 (MQ=255) aTGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGCCGCCgg > 1:170500/1‑67 (MQ=255) aTGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGCCGCCgg > 1:816394/1‑67 (MQ=255) | CCGGAAGCAGGCATCAACATGCTGCCGGAGTTGGTTGGTGACGGCGTATTGATTGCCGGTGATGCCGCCGGAATGTGTATGAACCTCGGTTTTACCATTCGCGGTATGGATCTGGCGATTGCCGCCGG > minE/42701‑42828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |