Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 374,231 T→C 43.5% Y361H (TAT→CAT)  fepE → regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE374,2310TC43.5% 7.9 / 33.8 46Y361H (TAT→CAT) fepEregulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (4/22);  new base C (13/7);  total (17/29)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.85e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01

GATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAA  >  minE/374167‑374299
                                                                |                                                                    
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:1013/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:1107269/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:2126589/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:2005316/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:3288909/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:1831115/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:3381421/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:3419460/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:1677408/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:1566692/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:1581864/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:1647099/69‑1 (MQ=255)
gATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGGGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGc                                                                  <  1:452306/69‑1 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:2601150/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:2154772/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:568624/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:758593/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:1783269/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:1804780/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:1414505/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:3380544/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:48584/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:1914665/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:784838/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:199825/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCTGCGTTGGTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:1231492/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:1382140/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:1211858/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:2780478/1‑68 (MQ=255)
            ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCa                                                       >  1:1604552/1‑68 (MQ=255)
                           cggcggGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                                       <  1:991402/69‑1 (MQ=255)
                             gcggGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat                                       <  1:3247642/67‑1 (MQ=255)
                                    ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg                                                      <  1:2847641/45‑1 (MQ=25)
                                    ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg                                                      <  1:2852745/45‑1 (MQ=25)
                                    ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg                                                      <  1:817311/45‑1 (MQ=25)
                                    ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg                                                      <  1:3205362/45‑1 (MQ=25)
                                    ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg                                                      <  1:787255/45‑1 (MQ=25)
                                    ggtggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg                                                      <  1:581320/45‑1 (MQ=25)
                                      tggCTTGTGGTGGTGTGTTGTTGCGTCATGCGATGGCATCCAg                                                      <  1:1061059/43‑1 (MQ=25)
                                        gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa                                                    <  1:801151/43‑1 (MQ=255)
                                        gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa                                                    <  1:1827178/43‑1 (MQ=255)
                                        gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa                                                    <  1:1274977/43‑1 (MQ=255)
                                        gCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa                                                    <  1:596965/43‑1 (MQ=255)
                                          ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa                                                    <  1:2563346/41‑1 (MQ=255)
                                                         gTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGc         <  1:152937/69‑1 (MQ=255)
                                                         gTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGc         <  1:610694/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:1621331/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:1652833/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:1741187/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:697124/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:1438988/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:763458/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:1817654/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:1938853/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:3261525/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:314207/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:910716/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:963934/69‑1 (MQ=255)
                                                                tATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGaa  <  1:2021846/69‑1 (MQ=255)
                                                                |                                                                    
GATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTTAACTATTTGCGGTTGAA  >  minE/374167‑374299

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: