| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 384,457 | A→C | 100% | A87A (GCA→GCC) | ybdB → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 384,457 | 0 | A | C | 78.9% | 123.0 / 22.5 | 66 | A87A (GCA→GCC) | ybdB | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/9); new base C (1/51); total (6/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTAGGCACAGAACTTAATGCAACACACCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCA > minE/384393‑384513 | gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:3249401/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:239285/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:2412138/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:249682/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:2287219/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:2522646/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:2014183/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:2004928/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:2003088/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:3022970/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:3079098/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:1865518/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:1680450/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:1669163/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:585186/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:1135219/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:664510/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:114562/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:1202833/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:1179104/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:1159318/67‑1 (MQ=255)gATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTCGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:831766/67‑1 (MQ=255) aTCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCac < 1:1700330/66‑1 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:999389/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:3401080/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2408716/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2414106/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:697290/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2636496/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2840201/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2895240/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2968798/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:661855/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:3217247/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2540571/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:3382143/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:471473/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:461854/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2373356/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:1833745/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:1956140/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:1972618/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2001050/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:1108790/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacaca > 1:1402492/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCccaca > 1:1016997/1‑68 (MQ=255) tCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGAAGGACAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCcacacat > 1:2561162/1‑68 (MQ=255) gATTTATGCTGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTAGGCACAGAACTTAATGCAACACCCCATCGCCCg > 1:3333874/1‑68 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTTCgcggt < 1:436672/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:3316989/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:1086490/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:1568018/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:372544/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:448566/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:461375/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:930038/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:927374/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:1504631/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:1492707/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:1099540/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:627524/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:659135/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:1333072/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:2243212/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:1722071/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:3237502/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:2190099/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:280819/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:3141555/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:3090875/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:2064248/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:3034591/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGTAGGCACAGAACTTAATGCAACACACCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACgcggc > 1:805236/1‑69 (MQ=255) cAGTGTGTGGTAGGCACAGAACTTAATGCAACACACCATCGCCCGGTATCTGAGGGAAAGGTACgcggc > 1:3068177/1‑69 (MQ=255) cAGTGTGTGGGGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:1930869/69‑2 (MQ=255) cAGTGTGTGGGGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:1399713/69‑2 (MQ=255) aGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:2608101/68‑2 (MQ=255) aGTGTGTGGTGGGCACGGAACTTAACGCCACACATCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTGCgcggt < 1:2326791/68‑2 (MQ=255) tAGGCACAGAACTTAATGCAACACACCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAg > 1:1702730/1‑68 (MQ=255) 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GATCGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTAGGCACAGAACTTAATGCAACACACCATCGCCCGGTGTCTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCA > minE/384393‑384513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |