| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 384,705 | A→G | 37.3% | intergenic (+95/‑86) | ybdB → / → cstA | conserved hypothetical protein/carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 384,705 | 0 | A | G | 37.3% | 90.9 / 100.1 | 154 | intergenic (+95/‑86) | ybdB/cstA | conserved hypothetical protein/carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/62); new base G (16/41); total (51/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
AACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTA > minE/384641‑384766 | aaCTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 1:957630/69‑1 (MQ=255)aaCTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 1:8864/69‑1 (MQ=255)aaCTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 1:515915/69‑1 (MQ=255)aaCTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 1:1267294/69‑1 (MQ=255)aaCTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 1:389139/69‑1 (MQ=255)aaCTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 1:2886075/69‑1 (MQ=255)aaCTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 1:2553824/69‑1 (MQ=255)aaCTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 1:1357464/69‑1 (MQ=255)aaCTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATg < 1:1723058/69‑1 (MQ=255) ggAGTGATCGAGTTAAGATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgttg < 1:1935115/69‑1 (MQ=255) ggAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgttg < 1:105245/69‑1 (MQ=255) ggAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgttg < 1:205821/69‑1 (MQ=255) ggAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgttg < 1:1940181/69‑1 (MQ=255) ggAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgttg < 1:1494714/69‑1 (MQ=255) ggAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgttg < 1:1128011/69‑1 (MQ=255) gAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgttg < 1:1621469/68‑1 (MQ=255) gAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgttg < 1:1971818/68‑1 (MQ=255) gTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCtg > 1:2139927/1‑61 (MQ=255) aTCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAATTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt > 1:1563769/1‑69 (MQ=255) aTCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAATTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt > 1:58715/1‑69 (MQ=255) aTCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt < 1:1569064/69‑1 (MQ=255) aTCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt < 1:2998112/69‑1 (MQ=255) aTCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt < 1:815828/69‑1 (MQ=255) aTCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt < 1:2215923/69‑1 (MQ=255) aTCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt > 1:1276325/1‑69 (MQ=255) tCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt < 1:2140514/68‑1 (MQ=255) cGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg > 1:2950710/1‑69 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTTCATGGTTGCTGtgtt > 1:727254/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:189767/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:1463040/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:276992/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:2641083/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:2603469/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:3059070/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:2363812/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:912183/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:3179265/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:1399538/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:2100664/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:1659196/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGtgtt > 1:3194211/1‑54 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACaaa < 1:3317326/69‑1 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACaaa < 1:28765/69‑1 (MQ=255) aaCATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACaaa < 1:2555289/69‑1 (MQ=255) aTTGTTAAGTTAAATATTGGGTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACaaa < 1:2851704/66‑1 (MQ=255) tGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt < 1:777404/56‑1 (MQ=255) tGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGa < 1:1442570/66‑1 (MQ=255) tGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGa < 1:3399181/66‑1 (MQ=255) gttaagttaaATATTGGGTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAAt < 1:2709067/55‑1 (MQ=255) atTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTTTTAAAt < 1:1575760/43‑1 (MQ=255) atTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACaaaa > 1:1425716/1‑69 (MQ=255) ttGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACaaaa > 1:2090009/1‑68 (MQ=255) ttGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACaaaa > 1:3324997/1‑68 (MQ=255) ttGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACaaaa > 1:791100/1‑68 (MQ=255) ttGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACaaaa > 1:1297049/1‑68 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:318936/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:2999426/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:3295726/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:3241923/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:377389/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:620278/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:92154/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:1612251/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:1623632/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:1648827/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:1809207/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:866033/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:2067834/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:2220471/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:2338953/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:1334105/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:2587856/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:730927/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:2688293/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTGCATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTg < 1:2884588/39‑1 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGt > 1:522588/1‑66 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGt > 1:77739/1‑66 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGt > 1:1110284/1‑66 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGt > 1:569654/1‑66 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGt > 1:2797733/1‑66 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGt > 1:2936371/1‑66 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGt > 1:2788824/1‑66 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGt > 1:1389700/1‑66 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGt > 1:3423557/1‑66 (MQ=255) ttCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTaa < 1:1565662/68‑1 (MQ=255) tCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACaaa < 1:3096061/44‑1 (MQ=255) tCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACaaa < 1:2276784/44‑1 (MQ=255) tCAACTCCGATATACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACaaa < 1:668799/44‑1 (MQ=255) cTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACAtctc < 1:1029532/69‑1 (MQ=255) tCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATctct < 1:266015/69‑1 (MQ=255) tCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATctct < 1:1613741/69‑1 (MQ=255) tCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATctct < 1:2004143/69‑1 (MQ=255) tCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATctct < 1:2406542/69‑1 (MQ=255) tCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATctct < 1:2569573/69‑1 (MQ=255) tCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATctct < 1:269117/69‑1 (MQ=255) tCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATctct < 1:57404/69‑1 (MQ=255) tCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATctct < 1:3238090/69‑1 (MQ=255) ccGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACaaa > 1:2336818/1‑38 (MQ=255) ccGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACaaa > 1:305547/1‑38 (MQ=255) ccGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTa > 1:2891924/1‑69 (MQ=255) | AACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTA > minE/384641‑384766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |