| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,723 | C→T | 41.0% | T311T (ACC→ACT) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,723 | 0 | C | T | 41.0% | 24.2 / 37.0 | 56 | T311T (ACC→ACT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/22); new base T (6/17); total (17/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.14e-01 | |||||||||||
GTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCC > minE/385664‑385775 | gtcgGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:976138/69‑1 (MQ=255)gtcgGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:933172/69‑1 (MQ=255)gtcgGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:1296884/69‑1 (MQ=255) cgGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:2308160/67‑1 (MQ=255) tCTGGCTGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATgg < 1:2850953/69‑1 (MQ=255) tCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTc < 1:804578/64‑1 (MQ=255) tCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATgg < 1:1174296/69‑1 (MQ=255) tCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATgg < 1:510475/69‑1 (MQ=255) tCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATgg < 1:225895/69‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:2430149/52‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:752239/52‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:57706/52‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:3171387/52‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:3061038/52‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:1049131/52‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:1556498/52‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:1600349/52‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCa < 1:1774292/52‑1 (MQ=255) aGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGccc > 1:2014013/1‑69 (MQ=255) aGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGccc > 1:3332558/1‑69 (MQ=255) cATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGt > 1:3276292/1‑69 (MQ=255) cATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGt > 1:1519098/1‑69 (MQ=255) ttGATTATGCGCCCGACGCTTACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATgg > 1:1814757/1‑69 (MQ=255) ttGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATgg > 1:57316/1‑69 (MQ=255) ttGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATgg < 1:3307314/69‑1 (MQ=255) aTGCGCCCGCCGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:3040153/1‑69 (MQ=255) aTGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGCCCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:379064/1‑69 (MQ=255) aTGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:45448/1‑69 (MQ=255) aTGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:1199497/1‑69 (MQ=255) aTGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:3003512/1‑69 (MQ=255) gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGt > 1:1528621/1‑65 (MQ=255) gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:3370769/1‑69 (MQ=255) gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:577768/1‑69 (MQ=255) gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:1303486/1‑69 (MQ=255) gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:1059888/1‑69 (MQ=255) gcCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAAcc > 1:2374634/1‑69 (MQ=255) cGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTcc < 1:2102480/69‑1 (MQ=255) cGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTcc < 1:451169/69‑1 (MQ=255) cGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTcc < 1:2197338/69‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2208461/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1860822/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1971938/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:91980/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:911624/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:845246/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1309250/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2157295/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1497692/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:3002111/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2212991/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:1856885/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2282290/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2306902/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:3323426/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2513703/68‑1 (MQ=255) cATGCCTGCGCTAACTAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTcc < 1:2516258/68‑1 (MQ=255) | GTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCAAATTTGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCC > minE/385664‑385775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |