| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 386,498 | T→C | 45.3% | L570L (TTG→CTG) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 386,498 | 0 | T | C | 45.3% | 3.2 / 42.2 | 53 | L570L (TTG→CTG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/17); new base C (14/10); total (26/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
CGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGA > minE/386436‑386561 | cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTTTTGTTc < 1:441941/68‑1 (MQ=255)cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:1293557/68‑1 (MQ=255)cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:3002466/68‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:404173/69‑2 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2211017/69‑2 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:981722/69‑2 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:3027811/69‑2 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2903926/69‑2 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2891343/69‑2 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2414554/69‑2 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2516177/69‑2 (MQ=255) tGGTATTGCCAACCAGATGCTTGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:2485098/68‑1 (MQ=255) tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTTGTGTTGTTCAAGATGa < 1:945158/68‑1 (MQ=255) tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:310033/68‑1 (MQ=255) tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:1801078/68‑1 (MQ=255) tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:2565832/68‑1 (MQ=255) tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:1426530/68‑1 (MQ=255) tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:1063569/68‑1 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:339551/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:2688469/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:273221/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:2884531/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:3065989/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:3178119/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1145412/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1860228/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1293620/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1646848/1‑69 (MQ=255) gCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCaa > 1:1566145/1‑69 (MQ=255) tGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTTTTCaaa < 1:4719/47‑2 (MQ=38) gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:2090314/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:1425734/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:683316/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:274961/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:594336/69‑1 (MQ=255) gCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTg < 1:1691195/69‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGCTGTTCaaa < 1:2788642/36‑2 (MQ=37) gCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:1720593/68‑1 (MQ=255) ctctGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGcc > 1:2241008/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:517854/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:900761/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:963925/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:427991/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:101766/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:99543/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:2548992/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:2048675/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1847404/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1692831/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1518304/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1449514/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1245924/1‑69 (MQ=255) tggtgCTGTTCAAAATGAAACGTCAACGTTATGCCTGGGTGGCACTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGa > 1:1058429/1‑69 (MQ=255) ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:3129048/52‑1 (MQ=255) ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:2149651/52‑1 (MQ=255) ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:2138707/52‑1 (MQ=255) ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:1357397/52‑1 (MQ=255) ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:1316903/52‑1 (MQ=255) ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:953973/52‑1 (MQ=255) ttgttCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACgg < 1:1309047/52‑1 (MQ=255) | CGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGA > minE/386436‑386561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |