| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 45,539 | A→T | 46.1% | V31V (GTA→GTT) | kefC → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 45,539 | 0 | A | T | 46.1% | 10.5 / 53.8 | 52 | V31V (GTA→GTT) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/18); new base T (5/19); total (15/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGT > minE/45476‑45592 | gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:2871054/1‑68 (MQ=255)gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:2282789/1‑68 (MQ=255)gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:2981470/1‑68 (MQ=255)gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:139558/1‑68 (MQ=255)gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:23734/1‑68 (MQ=255)gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:440357/1‑68 (MQ=255)gATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:2700018/1‑68 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:1861316/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:2898742/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:2957178/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:2073793/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:2018699/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:3052184/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:3389303/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:1909783/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:1479371/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:2555829/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:773098/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:781485/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:1293694/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:1227953/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:79893/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:2395545/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGGCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:866786/69‑1 (MQ=255) tATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTAc > 1:2253266/1‑69 (MQ=255) aTCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:2216628/68‑1 (MQ=255) aTCTCGGTTCGGCGGCGCTGATTGTTCCCATTGCGGTACGTCTCGGTCTGGGATCGGTTCTTGGCTAc < 1:693695/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:3377548/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:727608/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:2340699/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1375330/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:2228956/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:186060/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1987285/68‑1 (MQ=255) tcGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:2424003/68‑1 (MQ=255) cGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTg < 1:1101539/67‑1 (MQ=255) aGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTg > 1:2128219/1‑69 (MQ=255) gcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:2242989/69‑1 (MQ=255) gcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:3366064/69‑1 (MQ=255) ttGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGTCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTggg < 1:456438/69‑1 (MQ=255) ttGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTggg < 1:1977540/69‑1 (MQ=255) gTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCA‑TATTGGCCCGTGGGGGCTGc < 1:2169205/69‑1 (MQ=255) tACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCt < 1:2592204/67‑1 (MQ=255) tACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGc < 1:1942345/69‑1 (MQ=255) cGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat > 1:1093723/1‑47 (MQ=255) cTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTg < 1:2378279/69‑1 (MQ=255) ttGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTggg < 1:1383750/57‑1 (MQ=255) cggTCTGGGATCGGTTCTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGt > 1:3355425/2‑69 (MQ=255) cggTCTGGGATCGGTTCTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGt > 1:1602262/2‑69 (MQ=255) cggTCTGGGATCGGTTCTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGt > 1:1348958/2‑69 (MQ=255) cggTCTGGGATCGGTTCTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGt > 1:1203910/2‑69 (MQ=255) cggTCTGGGATCGGTTCTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTAGGGGCTGCGACTGGt > 1:444296/2‑69 (MQ=255) | GATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGT > minE/45476‑45592 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |