| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 400,786 | A→C | 46.6% | G250G (GGT→GGG) | dacA ← | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 400,786 | 0 | A | C | 46.6% | ‑5.9 / 120.1 | 101 | G250G (GGT→GGG) | dacA | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/24); new base C (31/16); total (61/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GTACGTCCGCCCATTACCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCTGTTATCCCAT > minE/400718‑400843 | gTACGTCCGCCCATTACCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTaa < 1:2440653/69‑1 (MQ=255) cATTACCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTc < 1:926641/69‑1 (MQ=255) cATTACCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTc < 1:2377733/69‑1 (MQ=255) aTTACCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTc < 1:2924463/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:2870672/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:1781601/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:2327276/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:2859511/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:266366/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:3372639/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:1458712/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:2822557/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:1336680/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:251038/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:2765048/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:543609/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:1213183/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:882000/68‑1 (MQ=255) caCCGCAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:2755750/68‑1 (MQ=255) caCCGAAGAGATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAgt < 1:2839680/68‑1 (MQ=255) aCCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtg > 1:3349195/1‑69 (MQ=255) aCCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtg > 1:3193962/1‑69 (MQ=255) aCCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtg > 1:1866617/1‑69 (MQ=255) aCCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtg > 1:2236843/1‑69 (MQ=255) aCCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgt > 1:2322563/1‑68 (MQ=255) aCCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGACGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTAGTCActg > 1:2297574/1‑69 (MQ=255) cGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtgtg > 1:2748250/1‑69 (MQ=255) cGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtgtg > 1:1280945/1‑69 (MQ=255) cGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtgtg > 1:1176219/1‑69 (MQ=255) cGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtgtg > 1:1007921/1‑69 (MQ=255) cGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtgt > 1:3041806/1‑68 (MQ=255) cGCAGAAATCAAGCGCATCTAGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAgtgtg > 1:1692524/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:2304628/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:2553276/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:2550008/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:2407055/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:2101021/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:2094604/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:2932663/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:1739470/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:3183521/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:3342583/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:1476572/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:3393761/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:1312102/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTcc > 1:630595/1‑69 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTc > 1:1121268/1‑68 (MQ=255) agagATCAAGCGCATCTGGCCTACAGTCGCATAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTc > 1:2382887/1‑68 (MQ=255) cAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCATAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt < 1:1247601/69‑1 (MQ=255) cAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt < 1:2362890/69‑1 (MQ=255) cAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt < 1:1681909/69‑1 (MQ=255) cAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt < 1:2242744/69‑1 (MQ=255) tGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTGACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTc > 1:2971251/1‑68 (MQ=255) tGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTc > 1:2397827/1‑68 (MQ=255) tGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTc > 1:1893522/1‑68 (MQ=255) tGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTc > 1:1369983/1‑68 (MQ=255) tGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTc > 1:1819071/1‑68 (MQ=255) cGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCt > 1:2805012/1‑69 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:302832/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:3217788/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:1482673/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:750601/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:2896502/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:1198194/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:2380831/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:2577085/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:2762040/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGtttt > 1:2743353/1‑47 (MQ=255) gCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCAGtttt > 1:643360/1‑47 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:1953232/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:885478/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:717121/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:2592034/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:14975/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:887311/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:2355601/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:1551787/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:2726165/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:2426939/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:2201977/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:2125582/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:1671569/1‑44 (MQ=255) aGAAGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:1896046/1‑44 (MQ=255) aaGCAACAAGGTTGTACCCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGttt > 1:2119837/1‑42 (MQ=255) aacaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACAtt < 1:2788560/54‑1 (MQ=255) aacaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACAtt < 1:244689/54‑1 (MQ=255) aacaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACAtt < 1:1948480/54‑1 (MQ=255) aacaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACAtt < 1:679542/54‑1 (MQ=255) aacaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACAtt < 1:1206042/54‑1 (MQ=255) aacaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACAtt < 1:600559/54‑1 (MQ=255) aacaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACAtt < 1:2949233/54‑1 (MQ=255) aacaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACAtt < 1:3341413/54‑1 (MQ=255) aacaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACAtt < 1:3248728/54‑1 (MQ=255) acaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCTGTTATCCCAt < 1:1161879/69‑1 (MQ=255) acaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCTGTTATCCCAt < 1:938664/69‑1 (MQ=255) acaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCTGTTATCCCAt < 1:815930/69‑1 (MQ=255) acaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCTGTTATCCCAt < 1:1508197/69‑1 (MQ=255) acaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCTGTTATCCCAt < 1:3032462/69‑1 (MQ=255) acaaGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCTGTTATCCCAt < 1:2995423/69‑1 (MQ=255) gTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCTGTTATCCCAt < 1:847244/64‑1 (MQ=255) | GTACGTCCGCCCATTACCGCAGAAATCAAGCGCATCTGGCCTTCAGTCGCAGAAGCAACAAGGTTGTAACCTGCTTTGTCAGTGTGTCCGGTTTTGATGCCGTCGACATTCAGGCTGTTATCCCAT > minE/400718‑400843 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |