| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 407,027 | A→G | 49.5% | G151G (GGT→GGC) | cobC ← | predicted alpha‑ribazole‑5'‑P phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 407,027 | 0 | A | G | 49.5% | ‑4.4 / 90.1 | 95 | G151G (GGT→GGC) | cobC | predicted alpha‑ribazole‑5'‑P phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/20); new base G (22/25); total (50/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
TAGCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAATTCACTAAGC > minE/406978‑407078 | tAGCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACt > 1:560795/1‑68 (MQ=255)tAGCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACt > 1:519805/1‑68 (MQ=255)tAGCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACt > 1:2646447/1‑68 (MQ=255)tAGCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACt > 1:2510911/1‑68 (MQ=255)tAGCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACt > 1:3385859/1‑68 (MQ=255)tAGCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACt > 1:1371116/1‑68 (MQ=255) gCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTaa > 1:2765503/1‑68 (MQ=255) gCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTaa > 1:1268221/1‑68 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:2488354/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1678678/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:471910/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1794615/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:399042/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:2099704/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:3194017/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:358646/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:2559321/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:2578149/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:2659484/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:2796682/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:2985157/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:2912998/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1041258/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1098811/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1135069/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:938751/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1258008/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1271297/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1650070/65‑1 (MQ=255) ggcaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:829934/65‑1 (MQ=255) ggaaggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:836437/62‑1 (MQ=255) ggcaTGCCAATTAAACGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1421378/61‑1 (MQ=255) caTGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATa > 1:2455767/1‑69 (MQ=255) caTGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATa > 1:2359559/1‑69 (MQ=255) caTGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATa > 1:2315642/1‑69 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAata < 1:1329119/57‑1 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAata < 1:91222/57‑1 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAata < 1:2294701/57‑1 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAata < 1:755514/57‑1 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAata < 1:672922/57‑1 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATATTg > 1:2173334/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:1721295/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:1107516/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:3086933/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:1208036/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:2639420/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:1746463/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:404918/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:2757516/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:1823879/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:1441811/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:2999710/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:3295990/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:2102005/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTg > 1:630605/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTATGATAGTg > 1:2632840/1‑68 (MQ=255) ccAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAAAATTCTGATAGTg > 1:3188942/1‑68 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:633676/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:3184150/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:3038827/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:31021/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:3212448/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:3271966/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:1054528/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:133575/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:1671302/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:1698711/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:1608431/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:1806634/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:1599197/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:1478647/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:2287817/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:2363301/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:2376960/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:2508584/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:1330008/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:2701679/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:2802004/1‑66 (MQ=255) aaaCGAGCAATTAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGata > 1:2895377/1‑66 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTTCTGAAAtt < 1:2954273/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:951920/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:1374682/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:1420647/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:1194929/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:291201/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:185501/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:3401631/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:1870446/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:2369105/68‑1 (MQ=255) aCGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:2673623/68‑1 (MQ=255) cGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:2677646/67‑1 (MQ=255) aTTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAATTCACTAAGc < 1:1515578/69‑1 (MQ=255) aTTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAATTCACTAAGc < 1:2995235/69‑1 (MQ=255) tAACAGACTCAGTACGCCCTGATGGCTGACGACTaaaa < 1:1747306/38‑1 (MQ=255) tAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAAtt < 1:2128715/59‑1 (MQ=255) | TAGCTTCGGCAGGCATGCCAATTAAACGGGCGATTAACAGACTCAGTACACCCTGATGGCTGACGACTAAAATATTCTGATAGTGCTGAAATTCACTAAGC > minE/406978‑407078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |