| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 413,265 | C→T | 27.9% | K306K (AAG→AAA) | lnt ← | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 413,265 | 0 | C | T | 27.9% | 60.7 / 20.5 | 57 | K306K (AAG→AAA) | lnt | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/20); new base T (14/2); total (35/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTC > minE/413217‑413330 | aCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGAc < 1:556577/69‑1 (MQ=255)aCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGAc < 1:3283049/69‑1 (MQ=255)aCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGAc < 1:1245425/69‑1 (MQ=255)aCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGAc < 1:2872504/69‑1 (MQ=255)aCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGAc < 1:2467426/69‑1 (MQ=255) gatgatGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGGTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGtg < 1:3311161/64‑2 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTga > 1:2729285/1‑40 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCTACAATCCCGGTTACCa > 1:296176/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:75985/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:314781/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:2876556/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:2848549/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:2758282/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:3353775/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:2308800/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:344076/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:1227453/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:9259/1‑67 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCa > 1:1339762/1‑67 (MQ=255) gatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCg < 1:1871507/68‑1 (MQ=255) gatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCg < 1:2570638/68‑1 (MQ=255) gatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCg < 1:1328119/68‑1 (MQ=255) gatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCg < 1:1450682/68‑1 (MQ=255) gttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGa < 1:1614600/63‑1 (MQ=255) ttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGtg < 1:92906/54‑2 (MQ=39) gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCttt < 1:2600640/69‑1 (MQ=255) gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCttt < 1:2611343/69‑1 (MQ=255) gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCttt < 1:1838563/69‑1 (MQ=255) gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCtt < 1:1040759/68‑1 (MQ=255) gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCtt < 1:1214735/68‑1 (MQ=255) gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCtt < 1:1281658/68‑1 (MQ=255) gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCtt < 1:1461540/68‑1 (MQ=255) gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCtt < 1:1745685/68‑1 (MQ=255) ggTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTa > 1:1992657/1‑50 (MQ=255) ggTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTAt > 1:822597/1‑68 (MQ=255) ggTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATc > 1:1714689/1‑69 (MQ=255) ggTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATc > 1:2193174/1‑69 (MQ=255) ggTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCACgg > 1:316170/1‑47 (MQ=255) gTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCa > 1:692732/1‑69 (MQ=255) tATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCa > 1:2505720/1‑68 (MQ=255) tATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCa > 1:3129310/1‑68 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:2742767/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:849962/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:707423/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:921579/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:952172/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:431113/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:3310778/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:2757736/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:1951327/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:1309657/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:1158239/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcgc > 1:1109232/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTGACCAGCGAGCTACCTTTATcg > 1:1601959/1‑66 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGTTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGG‑‑ACCAGCGAGCTACCTTTATCGCGCa > 1:748042/1‑69 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTGGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCtt < 1:377101/62‑1 (MQ=255) cTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTc < 1:363713/69‑1 (MQ=255) | ACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTC > minE/413217‑413330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |