| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 417,078 | C→T | 46.1% | S393S (TCG→TCA) | miaB ← | isopentenyl‑adenosine A37 tRNA methylthiolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 417,078 | 0 | C | T | 46.1% | ‑0.6 / 17.9 | 26 | S393S (TCG→TCA) | miaB | isopentenyl‑adenosine A37 tRNA methylthiolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/7); new base T (10/2); total (17/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTGCCTTCGAAGTTGACCACGCGGTTATTTTCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGGGTGGTGCCGAGCATCCGGCGGCTC > minE/417011‑417129 | gCGTGCCTTCGAAGTTGACCACGCGGTTATTTTCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTAcgc < 1:3424654/68‑1 (MQ=255) tCGAAGTTGACCACGCGGTTATTTTCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCt < 1:1009501/69‑1 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTcccg > 1:3266266/1‑67 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCt > 1:533060/1‑68 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCt > 1:3347781/1‑68 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCt > 1:3292449/1‑68 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCt > 1:3070016/1‑68 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCt > 1:301225/1‑68 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCt > 1:1005223/1‑68 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCt > 1:2690136/1‑68 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCt > 1:2475559/1‑68 (MQ=255) cGAAGTTAACCACGCGGTTATTTTCAGTGCGACCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCt > 1:2387796/1‑68 (MQ=255) cACGCGGTTATTTTCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGaa < 1:2577317/68‑1 (MQ=255) cACGCGGTTATTTTCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGaa < 1:3193618/68‑1 (MQ=255) cACGCGGTTATTTTCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGaa < 1:1175451/68‑1 (MQ=255) cgcgGTTATTTTCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATa < 1:1526004/68‑1 (MQ=255) ttCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGggtggt > 1:1940096/1‑69 (MQ=255) ttCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGggtggt > 1:3051878/1‑69 (MQ=255) ttCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGggtggt > 1:1516726/1‑69 (MQ=255) ttCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGggtggt > 1:3222491/1‑69 (MQ=255) ttCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGggtggt > 1:1315177/1‑69 (MQ=255) ttCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGggtggt > 1:1286398/1‑69 (MQ=255) ttCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGggtggt > 1:3330083/1‑69 (MQ=255) gCTCCATGATGCTCTTACGTGAAGTCCCTTCTACCAGAATGCGCTGGGTGGTGcc < 1:605709/55‑1 (MQ=37) tCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGGGTGGTGCCGAGCATCCGGCGGCTc < 1:2715475/69‑1 (MQ=255) tCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGGGTGGTGCCGAGCATCCGGCGGCTc < 1:1072603/69‑1 (MQ=255) tctTACGTGAAGTCCCTTCTACCAGAATGCGCTGGGTGGTGcc < 1:985235/43‑1 (MQ=21) | GCGTGCCTTCGAAGTTGACCACGCGGTTATTTTCCGTACGCCCGGAAAGCTCCATGATGCTCTTACGCGATGTACCTTCTACCAGAATACGCTGGGTGGTGCCGAGCATCCGGCGGCTC > minE/417011‑417129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |