| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 418,711 | C→T | 50.0% | L104L (CTG→TTG) | ubiF → | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 418,711 | 0 | C | T | 50.0% | ‑3.2 / 62.7 | 70 | L104L (CTG→TTG) | ubiF | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/15); new base T (22/13); total (42/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGA > minE/418644‑418769 | cAGACTGGAAACGTGGGAGTGTGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:2416038/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:274224/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:2526197/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:3023650/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:1505990/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:1502089/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:1918569/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:236862/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:3272249/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:2277065/69‑1 (MQ=255)cAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCgct < 1:2241144/69‑1 (MQ=255) gAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGc > 1:1314838/1‑69 (MQ=255) aaCTTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:1603505/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:2148530/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:2079921/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:2722735/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:2723743/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta > 1:276650/1‑69 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:2745316/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:1036866/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta > 1:291011/1‑69 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:3133871/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:3198783/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:3227648/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta > 1:335519/1‑69 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta > 1:378127/1‑69 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta > 1:671852/1‑69 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:89518/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:1068159/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:1259197/69‑1 (MQ=255) aaCGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGAAGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCt > 1:2737104/1‑68 (MQ=255) aaCGTGGGAGGGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCta < 1:2034676/69‑1 (MQ=255) ggaAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGaa < 1:2224920/67‑1 (MQ=255) tggtgTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAAc > 1:2075051/1‑69 (MQ=255) tggtgTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAAc > 1:239421/1‑69 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGTCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:568614/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTg > 1:921047/1‑55 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:413460/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:289665/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2849012/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1527497/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:3065326/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1266532/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2084462/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:3204531/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1830041/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:400487/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:261939/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1862433/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2491957/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2480533/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2080437/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2072116/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1941693/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2162711/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTCCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2074197/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACATAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1236513/1‑56 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAATACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:2016405/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1977097/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:3004078/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:16927/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:2138578/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:315150/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:3185109/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:55740/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1589203/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:2658795/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1227870/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1087594/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACAGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1876936/69‑1 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:208189/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:1030255/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:860917/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:2680318/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:270340/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:1778698/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:1695157/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:147002/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:1512646/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:2964511/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:2932144/1‑69 (MQ=255) | CAGACTGGAAACGTGGGAGTGGGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGA > minE/418644‑418769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |