| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 418,722 | T→C | 77.4% | Y107Y (TAT→TAC) | ubiF → | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 418,722 | 0 | T | C | 77.4% | 107.2 / 23.1 | 79 | Y107Y (TAT→TAC) | ubiF | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/3); new base C (48/13); total (63/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGTAACGT > minE/418665‑418789 | ggaAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGaa < 1:2224920/67‑1 (MQ=255) tggtgTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAAc > 1:2075051/1‑69 (MQ=255) tggtgTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAAc > 1:239421/1‑69 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGTCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:568614/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTg > 1:921047/1‑55 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1941693/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1862433/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2072116/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1830041/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 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1:261939/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2849012/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACTTAAGCTACCGTTCCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:2074197/1‑56 (MQ=255) cgccgcTGAACATAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGc > 1:1236513/1‑56 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAATACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:2016405/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:315150/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1977097/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:55740/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:3185109/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:2658795/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1087594/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1227870/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:3004078/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:16927/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1589203/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACCGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:2138578/69‑1 (MQ=255) gccgcTGAACTTAAGCTACAGTTGCTTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg < 1:1876936/69‑1 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:2964511/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:2932144/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:2680318/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:270340/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:1030255/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:860917/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:147002/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:1512646/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:208189/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:1695157/1‑69 (MQ=255) tAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGa > 1:1778698/1‑69 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAGCACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATc > 1:1824217/2‑67 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCa > 1:1943286/2‑35 (MQ=39) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:715622/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:3022443/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:869758/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2879089/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:3293326/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:287150/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:994882/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2597498/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:1501022/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:1861384/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:1400432/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2280682/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2448567/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:1329275/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2521160/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2582446/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2599052/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2599460/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2609656/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:1255079/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2745648/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:122101/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:2799453/2‑68 (MQ=255) ttgctTGGCTACATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAAGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATcc > 1:1229502/2‑68 (MQ=255) tGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTgg > 1:2801983/1‑43 (MQ=255) tGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGt < 1:3102915/69‑1 (MQ=255) tGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGt > 1:579133/1‑69 (MQ=255) tGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGt < 1:2694521/69‑1 (MQ=255) tataTGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGTAAc > 1:2101104/1‑68 (MQ=255) tataTGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGTAAc > 1:2663682/1‑68 (MQ=255) tataTGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGTAAc > 1:2807991/1‑68 (MQ=255) tataTGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGTAAc > 1:1020574/1‑68 (MQ=255) atatGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGTAACGt < 1:1459570/69‑1 (MQ=255) atatGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGTAACGt < 1:1196538/69‑1 (MQ=255) | GGAAACGGCGCATGTGGTGTTTGACGCCGCTGAACTTAAGCTACCGCTGCTTGGCTATATGGTGGAAAACACTGTCCTGCAACAGGCGTTGTGGCAGGCGCTGGAAGCGCATCCGAAAGTAACGT > minE/418665‑418789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |