| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 418,917 | G→A | 55.6% | R172R (CGG→CGA) | ubiF → | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 418,917 | 0 | G | A | 55.6% | 16.6 / 73.4 | 90 | R172R (CGG→CGA) | ubiF | 2‑octaprenyl‑3‑methyl‑6‑methoxy‑1,4‑benzoquinol oxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/23); new base A (16/34); total (33/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAGTGATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCA > minE/418861‑418982 | gAAGTGATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCggg < 1:3303931/68‑1 (MQ=255) tGATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTg > 1:2973923/1‑69 (MQ=255) tGATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTg > 1:1532079/1‑69 (MQ=255) tGATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTg > 1:3175476/1‑69 (MQ=255) gATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTgg > 1:243586/1‑69 (MQ=255) gATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTgg > 1:1750887/1‑69 (MQ=255) gATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTgg > 1:2969498/1‑69 (MQ=255) gATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTgg > 1:1222138/1‑69 (MQ=255) gATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTgg > 1:1636377/1‑69 (MQ=255) cgcgcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGtt > 1:906723/1‑69 (MQ=255) cgcgcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGtt > 1:1314855/1‑69 (MQ=255) cgcgcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGtt > 1:1562246/1‑69 (MQ=255) cgcgcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGtt > 1:751638/1‑69 (MQ=255) cgcgcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGtt > 1:1623563/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCggg > 1:2636401/1‑56 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:1913705/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:3432885/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:566343/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:3273710/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:424924/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:3301457/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:2467998/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:1702527/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:70419/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:3262137/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:837497/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:1457323/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:1386777/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:902578/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTcat > 1:1270740/1‑69 (MQ=255) cgAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTcatg < 1:502127/69‑1 (MQ=255) gATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAg < 1:3028754/67‑1 (MQ=255) gATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAg < 1:178168/67‑1 (MQ=255) gATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAg < 1:2009084/67‑1 (MQ=255) gATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAg < 1:2165131/67‑1 (MQ=255) aTTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAg < 1:2753010/66‑1 (MQ=255) ccGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGt > 1:844543/1‑69 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:2993140/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:2486500/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:3256898/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:3193650/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:334824/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:3413404/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:1155079/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:1510387/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:1669922/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:655059/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:193320/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:293838/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:1942828/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:488042/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:2733492/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:260544/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:2078446/69‑1 (MQ=255) cGGCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:2482305/69‑1 (MQ=255) ggCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:2960497/68‑1 (MQ=255) ggCGCAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:375779/68‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCTGGTGCGACTGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:65555/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:328986/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:3267748/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:368830/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:916559/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:2528147/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:3002952/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:1127622/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:1349616/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:141950/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:1475688/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:166065/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:1676606/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:1939928/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:1985787/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:3077803/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:2905554/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:2315422/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:100272/69‑1 (MQ=255) cgcAAATTCGCAGGTGCGACAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCCTGGCAGTATGCGCAGTCGTGTAt < 1:2437518/69‑1 (MQ=255) aTTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAg < 1:481141/47‑1 (MQ=255) aTTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTg < 1:481648/61‑1 (MQ=255) tCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGAtt < 1:1675222/69‑1 (MQ=255) tCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGAtt < 1:812363/69‑1 (MQ=255) tCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGAtt < 1:1569258/69‑1 (MQ=255) cGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTa < 1:2451478/69‑1 (MQ=255) cGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTa < 1:1812671/69‑1 (MQ=255) cGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTa < 1:238704/69‑1 (MQ=255) cGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTa < 1:2009400/69‑1 (MQ=255) cGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTa < 1:1302980/69‑1 (MQ=255) gCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCa > 1:219995/1‑69 (MQ=255) gCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCa > 1:2867769/1‑69 (MQ=255) gCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCa > 1:2054859/1‑69 (MQ=255) | GAAGTGATTCGCGCGAAGCTGGTGATTGGTGCCGACGGCGCAAATTCGCAGGTGCGGCAGATGGCGGGAATTGGCGTTCATGCATGGCAGTATGCGCAGTCGTGCATGTTGATTAGCGTCCA > minE/418861‑418982 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |