| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 424,941 | T→C | 27.9% | K371R (AAG→AGG) | nagA ← | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 424,941 | 0 | T | C | 27.9% | 123.6 / 50.9 | 118 | K371R (AAG→AGG) | nagA | N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/44); new base C (25/8); total (66/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGTGTGCCGA > minE/424876‑425007 | gCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTg > 1:2912561/1‑68 (MQ=255)gCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTg > 1:626842/1‑68 (MQ=255) cTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGt < 1:2496299/69‑1 (MQ=255) gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg > 1:2922037/1‑69 (MQ=255) gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg > 1:2204683/1‑69 (MQ=255) gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg > 1:3368722/1‑69 (MQ=255) gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg > 1:2765948/1‑69 (MQ=255) gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg > 1:1786628/1‑69 (MQ=255) gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg > 1:429105/1‑69 (MQ=255) gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTAACGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg > 1:1772349/1‑69 (MQ=255) gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACATCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg > 1:1022285/1‑69 (MQ=255) tCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAgg > 1:1152045/1‑69 (MQ=255) tCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAgg > 1:506093/1‑69 (MQ=255) aTACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGgt > 1:1315809/1‑68 (MQ=255) aTACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGgt > 1:2859266/1‑68 (MQ=255) aTACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGgt > 1:2695571/1‑68 (MQ=255) aTACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGgt > 1:2341085/1‑68 (MQ=255) aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCCGGtgtg < 1:440001/69‑1 (MQ=255) aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg < 1:1642617/69‑1 (MQ=255) aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg < 1:2594079/69‑1 (MQ=255) aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg < 1:3080991/69‑1 (MQ=255) aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg < 1:696423/69‑1 (MQ=255) aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg < 1:1142771/69‑1 (MQ=255) cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg < 1:1420440/68‑1 (MQ=255) cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa > 1:2660014/1‑69 (MQ=255) cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa > 1:1717459/1‑69 (MQ=255) cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa > 1:1544328/1‑69 (MQ=255) cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa > 1:1975615/1‑69 (MQ=255) cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa > 1:1796548/1‑69 (MQ=255) cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa > 1:2703277/1‑69 (MQ=255) tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa > 1:2533506/1‑69 (MQ=255) tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa > 1:2111675/1‑69 (MQ=255) tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa > 1:2010988/1‑69 (MQ=255) tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa > 1:11578/1‑69 (MQ=255) tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa > 1:2785652/1‑69 (MQ=255) tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa > 1:1046453/1‑69 (MQ=255) tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa > 1:2926460/1‑69 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa > 1:1478787/1‑63 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGATTGCa > 1:3323762/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:1003070/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:3128905/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:2399952/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:864845/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:364051/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:989602/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:3258089/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:1669204/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:1148028/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:1407694/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:1562934/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:1062635/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:1946882/1‑67 (MQ=255) ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa > 1:1320980/1‑67 (MQ=255) aTTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg > 1:293696/1‑59 (MQ=255) aTTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa > 1:1764627/1‑69 (MQ=255) tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa < 1:2371843/67‑1 (MQ=255) tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa < 1:3115756/67‑1 (MQ=255) tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa < 1:2898142/67‑1 (MQ=255) tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa < 1:1058372/67‑1 (MQ=255) tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa < 1:2233760/67‑1 (MQ=255) tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa < 1:1421195/67‑1 (MQ=255) gAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa < 1:3242690/66‑1 (MQ=255) gAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa < 1:975808/66‑1 (MQ=255) gAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa < 1:553919/66‑1 (MQ=255) tACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGc < 1:1035575/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:3124237/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:1545108/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:292116/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:679205/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:2851004/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:1829986/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:1847316/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:2171068/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:2213113/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:2358508/69‑1 (MQ=255) aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATACAGTCAGGTTGGCt < 1:2829030/69‑1 (MQ=255) cGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt < 1:510661/68‑1 (MQ=255) ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt < 1:3252867/69‑1 (MQ=255) ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt < 1:258591/69‑1 (MQ=255) ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt < 1:3284743/69‑1 (MQ=255) ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt < 1:1608759/69‑1 (MQ=255) ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt < 1:1977116/69‑1 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTgg > 1:711449/1‑62 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt > 1:898103/1‑69 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt > 1:1457456/1‑69 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt < 1:3304803/69‑1 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt > 1:2638614/1‑69 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt > 1:1613722/1‑69 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt > 1:759435/1‑69 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt > 1:655013/1‑68 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGATACtt > 1:2432322/1‑68 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt < 1:3375781/68‑1 (MQ=255) cTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt < 1:358334/68‑1 (MQ=255) gTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTgcggc < 1:1681934/69‑1 (MQ=255) gTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTgcggc < 1:454433/69‑1 (MQ=255) gTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTgcggc < 1:1507155/69‑1 (MQ=255) gATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAgtg < 1:1736992/68‑1 (MQ=255) gATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAgtg < 1:3021046/68‑1 (MQ=255) tGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGtgtg > 1:986407/1‑68 (MQ=255) cTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGTGTGCCga < 1:3382873/68‑1 (MQ=255) | GCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGTGTGCCGA > minE/424876‑425007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |