| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 426,121 | T→C | 30.0% | K264K (AAA→AAG) | nagB ← | glucosamine‑6‑phosphate deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 426,121 | 0 | T | C | 30.0% | 75.9 / 38.3 | 83 | K264K (AAA→AAG) | nagB | glucosamine‑6‑phosphate deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/24); new base C (12/13); total (46/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGACCCCCGATTTTAAAAAATATTGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGG > minE/426054‑426189 | cTGACCCCCGATTTTAAAAAATATTGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCt > 1:2235521/1‑68 (MQ=255)cTGACCCCCGATTTTAAAAAATATTGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCt > 1:817246/1‑68 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAATGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:717603/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:1845473/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:3294064/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:2869375/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:2042772/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:639475/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:2164029/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:826174/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:1391531/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:1387165/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:956594/4‑69 (MQ=255) taatGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAAtt > 1:2259754/4‑69 (MQ=255) gAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAat < 1:2180533/69‑1 (MQ=255) gAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAat < 1:2078077/69‑1 (MQ=255) gAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAat < 1:3344656/69‑1 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTc > 1:2887715/1‑68 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTc > 1:1161887/1‑68 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTc > 1:3052414/1‑68 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTc > 1:3363071/1‑68 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:3249708/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:3324189/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:2728386/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:2676427/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:2530210/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:396082/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:535276/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:2415419/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:673666/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:885331/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:92068/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:98098/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:1623583/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:2086329/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:122584/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCa > 1:1988660/1‑69 (MQ=255) aTAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTATTAACTTTCa > 1:2704217/1‑69 (MQ=255) aCAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGc > 1:1616997/1‑68 (MQ=255) aaTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:1408565/68‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:1616738/68‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:88219/68‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:3224929/68‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:3152657/68‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:2687093/68‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:2799642/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:1999735/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:702186/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:967987/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:3023558/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:1649949/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:309572/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:1521609/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:2732355/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:1728876/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:1732874/46‑1 (MQ=255) aaTTACAGACCCTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATT‑AAATATc < 1:2276182/45‑1 (MQ=38) aTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:2017332/67‑1 (MQ=255) aTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:2353105/67‑1 (MQ=255) aTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:397730/67‑1 (MQ=255) aTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:1438326/67‑1 (MQ=255) aTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:307033/67‑1 (MQ=255) aTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:2959540/67‑1 (MQ=255) aTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:1327725/67‑1 (MQ=255) aTTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:92633/67‑1 (MQ=255) ttACAGACCCTAGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATc < 1:62282/44‑1 (MQ=38) tACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:1774494/65‑1 (MQ=255) tACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:2379066/65‑1 (MQ=255) tACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:3223253/65‑1 (MQ=255) tACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:1874488/65‑1 (MQ=255) tACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtg > 1:1157010/1‑69 (MQ=255) tACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtg > 1:621553/1‑69 (MQ=255) tACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtg > 1:388560/1‑69 (MQ=255) tACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtg > 1:1791347/1‑69 (MQ=255) tACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtg > 1:2774012/1‑69 (MQ=255) aCAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAg > 1:2020978/1‑61 (MQ=255) aCAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtgg > 1:677947/1‑69 (MQ=255) aCAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtgg > 1:1796093/1‑69 (MQ=255) aCAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtgg > 1:1803097/1‑69 (MQ=255) aCAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtgg > 1:2361293/1‑69 (MQ=255) aCAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtgg > 1:979325/1‑69 (MQ=255) aCAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCAtgg > 1:2290636/1‑69 (MQ=255) ccTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTc < 1:700173/59‑1 (MQ=255) cTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCa < 1:877533/60‑1 (MQ=255) cTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCa < 1:2826956/60‑1 (MQ=255) tttGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAgg < 1:585050/69‑1 (MQ=255) tttGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAgg < 1:1491356/69‑1 (MQ=255) | CTGACCCCCGATTTTAAAAAATATTGCCCTGAGCAAGGAGCCAGGGCAGGGATAACAATTACAGACCTTTGATATTTTCTGCTTCTAATTCATTGAAATATCTTAAAGTCTTAACTTTCAGCTCCATGGTGGAAGG > minE/426054‑426189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |