| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 443,102 | A→G | 32.9% | D220D (GAT→GAC) | speF ← | ornithine decarboxylase isozyme, inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 443,102 | 0 | A | G | 32.9% | 68.3 / 47.1 | 88 | D220D (GAT→GAC) | speF | ornithine decarboxylase isozyme, inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/36); new base G (12/17); total (35/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
GATAAACCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACTTTGTTAGAAGATG > minE/443038‑443163 | gATAAACCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCa < 1:846597/68‑1 (MQ=255)gATAAACCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCa < 1:775330/68‑1 (MQ=255)gATAAACCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCa < 1:3060119/68‑1 (MQ=255)gATAAACCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCa < 1:450607/68‑1 (MQ=255) aaCCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAg < 1:2594016/69‑1 (MQ=255) cGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCAc < 1:1307233/69‑1 (MQ=255) cGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCAc < 1:1557978/69‑1 (MQ=255) cGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCAc < 1:1351968/69‑1 (MQ=255) cGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCAc < 1:33549/69‑1 (MQ=255) cGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCAc < 1:1288985/69‑1 (MQ=255) tgtTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg < 1:3196500/69‑1 (MQ=255) tgtTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg < 1:1250871/69‑1 (MQ=255) tgtTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg < 1:1397264/69‑1 (MQ=255) tgtTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg < 1:1432922/69‑1 (MQ=255) tgtTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg < 1:1629994/69‑1 (MQ=255) tgtTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg < 1:1538942/69‑1 (MQ=255) gCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCa < 1:1935833/69‑1 (MQ=255) gCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCa < 1:3368711/69‑1 (MQ=255) gCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCa < 1:2839725/69‑1 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCaaa > 1:126581/1‑51 (MQ=16) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:1599994/1‑69 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:871370/1‑69 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:2204787/1‑69 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:2305584/1‑69 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:1635468/1‑69 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:2931605/1‑69 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:6258/1‑69 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:1320430/1‑69 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:1138344/1‑69 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCg > 1:1756972/1‑68 (MQ=255) aGCCTGTAGCAAGGCCCCGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCg > 1:1228621/1‑68 (MQ=255) aGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCgg > 1:2301586/1‑69 (MQ=255) tGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:1359185/69‑1 (MQ=255) tGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:1138232/69‑1 (MQ=255) tGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:1789373/69‑1 (MQ=255) tGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:3332181/69‑1 (MQ=255) tGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:484779/69‑1 (MQ=255) tGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:1913874/69‑1 (MQ=255) tGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:2002269/69‑1 (MQ=255) tGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:1549524/69‑1 (MQ=255) gTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:1333217/68‑1 (MQ=255) gTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGtt < 1:1483034/68‑1 (MQ=255) gCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg > 1:302453/1‑52 (MQ=255) gCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg > 1:903819/1‑52 (MQ=255) gCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg > 1:1104884/1‑52 (MQ=255) gCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg > 1:3058965/1‑52 (MQ=255) gCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg > 1:3109506/1‑52 (MQ=255) gCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg > 1:1704637/1‑52 (MQ=255) gCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg > 1:3436444/1‑52 (MQ=255) gCAACGATCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAg > 1:436860/1‑52 (MQ=255) aaCGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCAc < 1:1753322/47‑1 (MQ=255) aaCGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAg < 1:2290067/68‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:562897/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:766320/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:333231/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:1909539/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:2882999/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:1309120/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:1511786/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:1657319/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:1730427/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:1739126/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:1840495/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:1200419/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:882560/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:2012926/69‑1 (MQ=255) cGTGATGGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:2549878/69‑1 (MQ=255) gtgatgGTTAGACTTATGGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:1423889/68‑1 (MQ=255) ggtggtTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCAc < 1:2023769/37‑1 (MQ=255) aGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGt > 1:2056042/1‑56 (MQ=255) aGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACttt > 1:1234141/1‑69 (MQ=255) aGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACttt > 1:534263/1‑69 (MQ=255) aGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACttt > 1:723238/1‑69 (MQ=255) aGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACttt > 1:1259871/1‑69 (MQ=255) aGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACttt > 1:1566651/1‑69 (MQ=255) aGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACttt > 1:314529/1‑69 (MQ=255) aGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACttt > 1:2977850/1‑69 (MQ=255) ttGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAg < 1:3342315/47‑1 (MQ=255) tatgGTTATTGCGGTCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTCAGCAGGGCGTTTa < 1:454358/52‑1 (MQ=38) tATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCATGGCGTTTAAAACCACTTTGTTAGAAGATg < 1:906522/69‑1 (MQ=255) tATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACTTTGTTAGAAGATg < 1:1151290/69‑1 (MQ=255) tATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACTTTGTTAGAAGATg < 1:1022928/69‑1 (MQ=255) aTTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGc > 1:72179/1‑37 (MQ=255) aTTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGc > 1:373563/1‑37 (MQ=255) aTTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGc > 1:808622/1‑37 (MQ=255) aTTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGc > 1:288260/1‑37 (MQ=255) aTTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGc > 1:1014709/1‑37 (MQ=255) aTTGCGATCAAACAGCACCAGATAACCCGGTGTTAg > 1:1888117/1‑36 (MQ=255) | GATAAACCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTAGCAGGGCGTTTAAAACCACTTTGTTAGAAGATG > minE/443038‑443163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |