| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 53,522 | G→A | 24.6% | D422D (GAC→GAT) | imp ← | exported protein required for envelope biosynthesis and integrity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 53,522 | 0 | G | A | 24.6% | 107.6 / 27.9 | 85 | D422D (GAC→GAT) | imp | exported protein required for envelope biosynthesis and integrity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/27); new base A (16/5); total (53/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
TGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTC > minE/53479‑53588 | tGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTg < 1:889712/69‑1 (MQ=255)tGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTg < 1:1233392/69‑1 (MQ=255)tGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTg < 1:3398604/69‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGGTGAACACGAGTCGCCTCTGGCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTggg < 1:4091/68‑2 (MQ=255) cGGTTCCAGGTGAACACGAGTCGCCTCTGGCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGc < 1:356915/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGGTGAACACGAGTCGCCTCTGGCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGc < 1:1730480/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGGTGAACACGAGTCGCCTCTGGCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGc < 1:59359/68‑1 (MQ=255) cGGTTCCAGGTGAACACGAGTCGCCTCTGGCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGc < 1:1450089/68‑1 (MQ=255) ggTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGcc > 1:1112425/1‑68 (MQ=255) ggTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGcc > 1:700514/1‑68 (MQ=255) ggTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGcc > 1:1497921/1‑68 (MQ=255) ggTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGcc > 1:3365551/1‑68 (MQ=255) ggTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGcc > 1:1830729/1‑68 (MQ=255) tCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTa > 1:450147/1‑68 (MQ=255) tCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTa > 1:514390/1‑68 (MQ=255) ccAGGTTAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:523243/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTctct > 1:2517284/1‑37 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:3010890/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:3313104/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:1911092/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:3309081/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:3217276/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:2066176/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:3213347/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:2507891/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa < 1:2275658/48‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:2326138/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:2329987/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:130575/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:2450461/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:1223518/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:540857/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:742837/1‑48 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa < 1:1039617/48‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:2166649/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:2405786/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:3060843/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:1630426/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:461728/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:1406384/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:462136/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:1243213/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCAGGCCGTaaa < 1:1575762/69‑1 (MQ=255) ccAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCAGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaaa < 1:2148179/69‑1 (MQ=255) acAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:987012/2‑48 (MQ=255) acAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACaa > 1:2271669/2‑48 (MQ=255) tGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTTGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATAcg > 1:2395772/1‑68 (MQ=255) tGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATAcg > 1:2116690/1‑68 (MQ=255) tGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATAc > 1:3344105/1‑67 (MQ=255) gAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATAcgcg < 1:2051388/69‑1 (MQ=255) cacGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTATCAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTa > 1:80806/1‑68 (MQ=255) cacGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTaa > 1:1349277/1‑59 (MQ=255) cacGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATAc > 1:974847/1‑63 (MQ=255) cacGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTa > 1:1401837/1‑68 (MQ=255) cacGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTa > 1:1808160/1‑68 (MQ=255) cacGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTa > 1:1391733/1‑68 (MQ=255) cacGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTa > 1:1899007/1‑68 (MQ=255) cacGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTa > 1:2011656/1‑68 (MQ=255) cacGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTa > 1:314689/1‑68 (MQ=255) cGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCa < 1:3136440/69‑1 (MQ=255) cGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCa < 1:3143808/69‑1 (MQ=255) cGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCa < 1:3122810/69‑1 (MQ=255) cGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCa < 1:2123711/69‑1 (MQ=255) cGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCa < 1:875920/69‑1 (MQ=255) cGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCa < 1:1089357/69‑1 (MQ=255) cGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCa < 1:892701/69‑1 (MQ=255) cGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCa < 1:2576919/69‑1 (MQ=255) cGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCa < 1:1046691/69‑1 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCCCTGCCTGGCCGTAAATa > 1:1191264/1‑47 (MQ=39) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:3350461/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:1188986/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:611872/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:1188144/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:898779/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:464849/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:1654587/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:1854142/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:3315527/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:3293891/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:2097824/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:2579001/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:2842430/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATc > 1:2703717/1‑55 (MQ=255) gCATGTCATCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCAGTAAATACGCGTATc > 1:3433134/1‑55 (MQ=255) aTGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATAcgcg < 1:1435318/49‑1 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCaa > 1:2990589/1‑61 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:2458123/1‑69 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:1526863/1‑69 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:226173/1‑69 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:897191/1‑69 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:2717125/1‑69 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:881505/1‑69 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:2729576/1‑69 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:1116250/1‑69 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:30901/1‑69 (MQ=255) tcgtcTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTc > 1:150109/1‑69 (MQ=255) | TGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACATCATTC > minE/53479‑53588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |