| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 464,227 | T→A | 41.5% | D28E (GAT→GAA) | sdhB → | succinate dehydrogenase, FeS subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 464,227 | 0 | T | A | 41.5% | 31.5 / 61.9 | 65 | D28E (GAT→GAA) | sdhB | succinate dehydrogenase, FeS subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/6); new base A (10/17); total (42/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGC > minE/464171‑464287 | tataACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGa < 1:1122875/68‑1 (MQ=255)tataACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGa < 1:1171206/68‑1 (MQ=255)tataACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGa < 1:604316/68‑1 (MQ=255)tataACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGa < 1:1264144/68‑1 (MQ=255) gTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGctgctg < 1:160103/69‑1 (MQ=255) gatgatGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGAt > 1:985970/1‑69 (MQ=255) gatgatGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGAt > 1:1793788/1‑69 (MQ=255) gatgatGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGAt > 1:546471/1‑69 (MQ=255) gatgatGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGAt > 1:1587652/1‑69 (MQ=255) gatgatGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGAt > 1:1159733/1‑69 (MQ=255) tgCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTcgcg > 1:2328990/1‑47 (MQ=255) tgCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCt > 1:716423/1‑69 (MQ=255) tgCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCt > 1:3348860/1‑69 (MQ=255) tgCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCt > 1:2741428/1‑69 (MQ=255) cgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATcc < 1:2925589/67‑1 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:1480450/1‑67 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:610379/1‑67 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:96890/1‑67 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:974140/1‑67 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:431558/1‑67 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:398070/1‑67 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:3377841/1‑67 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:2234041/1‑67 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTa > 1:1055595/1‑66 (MQ=255) cAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGATaa > 1:2544083/1‑67 (MQ=255) cAGGATTACACCCTAGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:1262063/1‑67 (MQ=255) ttACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAaga > 1:3271268/1‑66 (MQ=255) ttACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAaga > 1:330986/1‑66 (MQ=255) ttACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAaga > 1:1650151/1‑66 (MQ=255) ttACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAaga > 1:2349463/1‑66 (MQ=255) ttACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAaga > 1:2362094/1‑66 (MQ=255) ttACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAaga > 1:288879/1‑66 (MQ=255) ttACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAaga > 1:1718589/1‑66 (MQ=255) acacCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:2594964/1‑60 (MQ=255) acacCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:1830372/1‑60 (MQ=255) acacCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:1746848/1‑60 (MQ=255) acacCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:398401/1‑60 (MQ=255) acacCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTaa > 1:1971804/1‑60 (MQ=255) cccTGGAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGGAAGAt > 1:3375203/1‑68 (MQ=255) cccTGGAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGAt > 1:2192077/1‑68 (MQ=255) cccTGGAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGAt > 1:840843/1‑68 (MQ=255) cccTGGAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGAt > 1:872885/1‑68 (MQ=255) cccTGGAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGAt > 1:959612/1‑68 (MQ=255) cccTGGAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGAt > 1:315961/1‑68 (MQ=255) cccTGGAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGAt > 1:3191684/1‑68 (MQ=255) cccTGGAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGAt > 1:2165846/1‑68 (MQ=255) cccTGGAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGATGAAAGAGAAAGAt > 1:1921481/1‑68 (MQ=255) cccTGCAAGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGAt > 1:2239057/1‑68 (MQ=255) aGCGGAAGATGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGTGAAAGATCCCAGc < 1:3390465/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:1037290/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:1097082/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:1157106/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:2226435/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:2154083/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:81480/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:769529/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:1493266/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:1570583/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:2099582/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:2799478/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:2825482/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:2874834/67‑1 (MQ=255) aGCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:1756769/67‑1 (MQ=255) gCGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:342497/66‑1 (MQ=255) cGGAAGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATTCAGCTGAAAGAGAAAGATCCCAGc < 1:839980/65‑1 (MQ=255) | TATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGC > minE/464171‑464287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |