| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 467,413 | G→T | 49.3% | P751P (CCG→CCT) | sucA → | 2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamin‑requiring |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 467,413 | 0 | G | T | 49.3% | 11.3 / 78.5 | 73 | P751P (CCG→CCT) | sucA | 2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamin‑requiring |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/29); new base T (16/20); total (24/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCG > minE/467347‑467472 | ctcctcCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTc < 1:2780230/69‑1 (MQ=255)ctcctcCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTc < 1:2762540/69‑1 (MQ=255)ctcctcCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTc < 1:342633/69‑1 (MQ=255)ctcctcCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTc < 1:69727/69‑1 (MQ=255)ctcctcCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTc < 1:1835276/69‑1 (MQ=255)ctcctcCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTc < 1:144043/69‑1 (MQ=255)ctcctcCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTc < 1:913913/69‑1 (MQ=255)ctcctcCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTc < 1:825322/69‑1 (MQ=255)ctcctcCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTc < 1:1797549/69‑1 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(MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:944237/1‑69 (MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:542368/1‑69 (MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:381503/1‑69 (MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:2208707/1‑69 (MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:2190531/1‑69 (MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:2132761/1‑69 (MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:281042/1‑69 (MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:1191346/1‑69 (MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:1296432/1‑69 (MQ=255) aaCTTTGCGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACAtgctgc > 1:82370/1‑69 (MQ=255) 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1:2206317/53‑1 (MQ=255) ttGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGttt < 1:2174866/53‑1 (MQ=255) ttGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGttt < 1:21450/53‑1 (MQ=255) gAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGgcg < 1:1325109/69‑1 (MQ=255) gAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGgcg < 1:3261021/69‑1 (MQ=255) gAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGgcg < 1:1960649/69‑1 (MQ=255) aaaaCATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGttt < 1:3341679/42‑1 (MQ=255) aaaCATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGttt < 1:241196/41‑1 (MQ=255) tGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGa < 1:2007309/69‑1 (MQ=255) tttGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGTTGCGCGGGATGcgtc < 1:1098447/69‑1 (MQ=255) tttGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGTTGCGCGGGATGcgtc < 1:3364312/69‑1 (MQ=255) tttGCGTACCTTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGTTGCGCGGGATGcgtc < 1:3368240/69‑1 (MQ=255) 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CTCCTCCGCGCGTCTGGAACGTTATCTGCAACTTTGTGCTGAGCAAAACATGCAGGTTTGCGTACCGTCTACCCCGGCACAGGTTTACCACATGCTGCGTCGTCAGGCGCTGCGCGGGATGCGTCG > minE/467347‑467472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |