| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 478,602 | T→C | 74.7% | A230A (GCT→GCC) | cydA → | cytochrome d terminal oxidase, subunit I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 478,602 | 0 | T | C | 74.7% | 131.0 / 37.7 | 106 | A230A (GCT→GCC) | cydA | cytochrome d terminal oxidase, subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/10); new base C (32/47); total (49/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CTGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCGACGTGCAGAAAACCA > minE/478534‑478666 | cTGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGgctgct < 1:1937818/69‑1 (MQ=255)cTGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGgctgct < 1:2115141/69‑1 (MQ=255) tGAAAGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGgctgct < 1:2846362/68‑1 (MQ=255) aGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTtct > 1:1811849/1‑69 (MQ=255) aGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTtct > 1:2252596/1‑69 (MQ=255) aGGTCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTtc > 1:828692/1‑68 (MQ=255) tCGTGACTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTtctgtc > 1:151190/1‑69 (MQ=255) aCTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTa < 1:774476/69‑1 (MQ=255) aCTTCGCCTTCGCTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTa < 1:1434013/69‑1 (MQ=255) ttcgccttcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTAt < 1:714565/68‑1 (MQ=255) ccttcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGt < 1:925613/67‑1 (MQ=255) ttcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCt > 1:1980815/1‑68 (MQ=255) ttcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTg > 1:2442258/1‑69 (MQ=255) ttcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTg > 1:1548116/1‑69 (MQ=255) ttcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTg > 1:1359194/1‑69 (MQ=255) ttcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTg > 1:838979/1‑69 (MQ=255) tcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTgg > 1:1991501/1‑69 (MQ=255) tcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTgg > 1:1097682/1‑69 (MQ=255) tcgcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTgg > 1:2602612/1‑69 (MQ=255) 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< 1:3375210/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:2610991/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:2893856/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:3018542/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:3022519/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:2407247/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:1802691/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:1874118/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:1569507/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:1421683/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:1410191/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:2347620/54‑1 (MQ=255) gcTAAACGCTCCTTTGCTATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCCGTtctgtct < 1:2392598/54‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:562561/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:394888/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:1478547/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:1494239/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:400544/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:1099478/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:2911052/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:3284899/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:3208988/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:2830736/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 1:3082041/57‑1 (MQ=255) tGGCTGCCGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACGAAATGGGCg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |