| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 479,895 | A→G | 41.2% | V133V (GTA→GTG) | cydB → | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 479,895 | 0 | A | G | 41.2% | 41.2 / 84.2 | 114 | V133V (GTA→GTG) | cydB | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/21); new base G (31/16); total (77/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTG > minE/479830‑479961 | gaaACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAAtt > 1:1579618/1‑69 (MQ=255)gaaACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAAtt > 1:1779296/1‑69 (MQ=255) ccGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGgtgt > 1:1733034/1‑69 (MQ=255) ccGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGgtgt > 1:2883090/1‑69 (MQ=255) ccGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGgtgt > 1:2886636/1‑69 (MQ=255) ccGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGgtgt > 1:149293/1‑69 (MQ=255) ccGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGgtgt > 1:296681/1‑69 (MQ=255) ccGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGgtgt > 1:1794471/1‑69 (MQ=255) ccGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGgtgt > 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tgGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTg > 1:129920/1‑69 (MQ=255) tgGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTg > 1:550193/1‑69 (MQ=255) tgGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTg > 1:57588/1‑69 (MQ=255) tgGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTg > 1:2778738/1‑69 (MQ=255) tgGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTg > 1:1576372/1‑69 (MQ=255) tgGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTg > 1:2658433/1‑69 (MQ=255) tgGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTg > 1:1157418/1‑69 (MQ=255) tgGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTg > 1:1076146/1‑69 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:2412362/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:2361291/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:1503251/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:3421391/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:2803307/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:832578/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:1777594/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:3420732/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:2704769/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:1257035/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:2632623/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:2619467/67‑1 (MQ=255) gggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:1298105/67‑1 (MQ=255) tgACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGt < 1:1468187/67‑1 (MQ=255) ggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGt < 1:1548568/68‑1 (MQ=255) ggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGt < 1:3414530/68‑1 (MQ=255) ggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGt < 1:2145288/68‑1 (MQ=255) ggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGt > 1:358572/1‑68 (MQ=255) ggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGt < 1:391401/68‑1 (MQ=255) ggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGt > 1:1468111/1‑68 (MQ=255) ggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGt < 1:242491/68‑1 (MQ=255) ggACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGt > 1:1711131/1‑68 (MQ=255) aCTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTGATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCt < 1:575752/64‑1 (MQ=255) ggCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAggg > 1:725994/1‑68 (MQ=255) ggCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAggg > 1:32961/1‑68 (MQ=255) ggCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAgg > 1:2719345/1‑67 (MQ=255) ggCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCAGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAggg > 1:2616811/1‑68 (MQ=255) cATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGt < 1:534957/69‑1 (MQ=255) cATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGt < 1:1934372/69‑1 (MQ=255) cATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGt < 1:3218231/69‑1 (MQ=255) ttCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTa > 1:1274412/1‑39 (MQ=255) ttCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTa < 1:259903/49‑1 (MQ=255) ttCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGc < 1:3040501/58‑1 (MQ=255) 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1:1491239/1‑68 (MQ=255) ttCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTAcc > 1:3216950/1‑68 (MQ=255) ttCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTAcc > 1:225854/1‑68 (MQ=255) ttCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCg > 1:1004155/1‑69 (MQ=255) ttCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCg > 1:3118297/1‑69 (MQ=255) ttGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTc < 1:2799405/68‑1 (MQ=255) ttGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTc < 1:3179815/68‑1 (MQ=255) ttGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGCTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTc < 1:431385/68‑1 (MQ=255) aaTTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTg < 1:430187/67‑1 (MQ=255) aaTTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTg < 1:2265359/67‑1 (MQ=255) | GAAACCCGCTGGCGTAACATGTGGGACTGGGGCATCTTCATTGGTAGCTTCGTTCCGCCGCTGGTAATTGGTGTAGCGTTCGGTAACCTGTTGCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTG > minE/479830‑479961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |