| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 479,986 | T→C | 16.9% | L164L (TTG→CTG) | cydB → | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 479,986 | 0 | T | C | 16.9% | 150.7 / 18.1 | 94 | L164L (TTG→CTG) | cydB | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/33); new base C (7/9); total (52/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATC > minE/479922‑480036 | gCAGGGCGTACCATTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGc > 1:845829/1‑68 (MQ=255)gCAGGGCGTACCATTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGc > 1:2130861/1‑68 (MQ=255)gCAGGGCGTACCATTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGc > 1:663040/1‑68 (MQ=255)gCAGGGCGTACCATTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGc > 1:440323/1‑68 (MQ=255)gCAGGGCGTACCATTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGc > 1:2419909/1‑68 (MQ=255)gCAGGGCGTACCATTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGc > 1:264932/1‑68 (MQ=255)gCAGGGCGTACCATTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGc > 1:1530432/1‑68 (MQ=255) cGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAAccc > 1:2537206/1‑69 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCGGTTGCTTAACCCGTTc > 1:179309/1‑69 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGtta > 1:1886591/1‑68 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGtt > 1:492748/1‑68 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc > 1:3040491/1‑69 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc > 1:223037/1‑69 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc > 1:2403901/1‑69 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc > 1:2782972/1‑69 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc > 1:2875387/1‑69 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc > 1:33683/1‑69 (MQ=255) ccGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTc > 1:1263070/1‑69 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCct < 1:3405556/69‑1 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCct > 1:25120/1‑69 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCct < 1:606568/69‑1 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCct > 1:810781/1‑69 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCct > 1:1094691/1‑69 (MQ=255) cAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCct < 1:1034555/69‑1 (MQ=255) ttGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCctgct > 1:1361513/1‑67 (MQ=255) ttGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCctgct > 1:2095837/1‑67 (MQ=255) gatgaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGc > 1:2515574/1‑68 (MQ=255) gatgaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGc > 1:456106/1‑68 (MQ=255) gatgaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCa > 1:1638499/1‑69 (MQ=255) gatgaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCa > 1:1047005/1‑69 (MQ=255) gatgaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCa > 1:1862284/1‑69 (MQ=255) gatgaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCa > 1:738113/1‑69 (MQ=255) gatgaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCAAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGc > 1:1615867/1‑68 (MQ=255) gaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAgg < 1:998607/68‑1 (MQ=255) gaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAgg < 1:640998/68‑1 (MQ=255) gaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAgg < 1:1223387/68‑1 (MQ=255) gaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAgg < 1:2349304/68‑1 (MQ=255) gaATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAgg < 1:975042/68‑1 (MQ=255) tCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCgg > 1:1512171/1‑51 (MQ=255) tCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCgtg > 1:1247956/1‑67 (MQ=255) tCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCgtg > 1:3197503/1‑67 (MQ=255) tCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGACCTGCTGGCAGGCgtg > 1:1885407/1‑67 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:2653849/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:1320623/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:1256669/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:1228340/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:1423664/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:2934269/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:531336/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:2819910/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:1529653/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:2724692/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:2703863/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:1227418/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:2554163/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:2538286/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:609433/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:2070470/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:170813/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:1849692/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:66840/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:1876931/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCg < 1:1132345/68‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCT‑GCAGGCGTGGTGAGCg < 1:524569/67‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGTGTGGTGAGCGt < 1:796434/69‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGTGTGGTGAGCGt < 1:2955467/69‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGTGTGGTGAGCGt < 1:957499/69‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGTGTGGTGAGCGt < 1:692213/69‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGTGTGGTGAGCGt < 1:3235572/69‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGTGTGGTGAGCGt < 1:3219740/69‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGTGTGGTGAGCGt < 1:3152450/69‑1 (MQ=255) tCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGCTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGTGTGGTGAGCGt < 1:2317231/69‑1 (MQ=255) tGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCg > 1:2681726/1‑42 (MQ=255) ctacACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGtt > 1:1994240/1‑36 (MQ=255) ctacACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAg > 1:2253234/1‑50 (MQ=255) ctacACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAgggtt > 1:2197979/1‑67 (MQ=255) ctacACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAggg < 1:571933/67‑1 (MQ=255) ctacACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat > 1:289331/1‑69 (MQ=255) ctacACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat > 1:1698423/1‑69 (MQ=255) ctacACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat > 1:199680/1‑69 (MQ=255) ctacACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat > 1:2185717/1‑69 (MQ=255) ctacACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgat > 1:2218681/1‑69 (MQ=255) acacCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatg < 1:1920282/68‑1 (MQ=255) cacCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatgat > 1:837948/1‑69 (MQ=255) cacCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatgat > 1:1954239/1‑69 (MQ=255) cacCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatgat > 1:681371/1‑69 (MQ=255) cacCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatgat > 1:802252/1‑69 (MQ=255) cacCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGgatgat > 1:325852/1‑69 (MQ=255) ccGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATc > 1:707197/1‑68 (MQ=255) ccGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATc > 1:1342562/1‑68 (MQ=255) ccGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATc > 1:2459082/1‑68 (MQ=255) ccGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATc > 1:977720/1‑68 (MQ=255) tcCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAggg < 1:1001891/50‑1 (MQ=255) ccAGCTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGTGTGGTGAGCGt < 1:2031184/45‑1 (MQ=38) | GCAGGGCGTACCGTTCAACGTTGATGAATATCTGCGTCTGTACTACACCGGTAACTTCTTCCAGTTGCTTAACCCGTTCGGCCTGCTGGCAGGCGTGGTGAGCGTAGGGATGATC > minE/479922‑480036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |