| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 480,138 | T→C | 62.0% | C214C (TGT→TGC) | cydB → | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 480,138 | 0 | T | C | 62.0% | 20.2 / 23.6 | 42 | C214C (TGT→TGC) | cydB | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/8); new base C (9/17); total (17/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACC > minE/480074‑480205 | tGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCg < 1:496590/69‑1 (MQ=255)tGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCg < 1:2938339/69‑1 (MQ=255)tGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCg < 1:1765749/69‑1 (MQ=255) cGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCAct > 1:1463887/1‑69 (MQ=255) cGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCAct > 1:2099105/1‑69 (MQ=255) gCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCActggctg > 1:2214117/1‑68 (MQ=255) ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGa > 1:1270895/1‑63 (MQ=255) ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2714177/1‑67 (MQ=255) ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2104750/1‑67 (MQ=255) ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:586559/1‑67 (MQ=255) ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2786850/1‑67 (MQ=255) ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:751183/1‑67 (MQ=255) ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:1336913/1‑67 (MQ=255) ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2850887/1‑67 (MQ=255) ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2861967/1‑67 (MQ=255) ggTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaa < 1:505011/69‑1 (MQ=255) ggTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaa < 1:3273474/69‑1 (MQ=255) ggTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaa < 1:390564/69‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:990793/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:542967/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:3161706/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:64950/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:750428/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:3016122/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:797719/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:81307/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:846155/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:2822173/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:2694117/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:1458908/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:1592671/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:2444707/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:1635399/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:2182808/63‑1 (MQ=255) gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:1876969/63‑1 (MQ=255) ggTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACaa > 1:1160726/1‑68 (MQ=255) ggTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACaa > 1:1728942/1‑68 (MQ=255) tCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATgg > 1:1949701/1‑69 (MQ=255) tCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATgg > 1:451713/1‑69 (MQ=255) tCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATgg > 1:1225933/1‑69 (MQ=255) tGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGAc < 1:2819443/69‑1 (MQ=255) tGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGGCGTGAAATCGACAATGGAc < 1:1308226/69‑1 (MQ=255) tttCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGAcc > 1:1737847/1‑68 (MQ=255) tttCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGAcc > 1:2490469/1‑68 (MQ=255) tttCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGAcc > 1:3176827/1‑68 (MQ=255) | TGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACC > minE/480074‑480205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |