Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	485,250	T→C	41.5%	N352N (AAT→AAC)	tolB →	periplasmic protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	485,250	0	T	C	41.5%	31.9 / 67.0	93	N352N (AAT→AAC)	tolB	periplasmic protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (35/19);  new base C (18/20);  total (54/39)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.34e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

AAGGTTCGCAGAACCAGGATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTC  >  minE/485183‑485305                                                                    |                                                        aaGGTTCGCAGAACCAGGATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAAt                                                         <  1:1406300/68‑1 (MQ=255)     ttCGCAGAACCAGGATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAAtggtg                                                     >  1:2836461/1‑68 (MQ=255)               cAGTATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGcac                                          <  1:925772/69‑1 (MQ=255)               cAGGATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGcac                                          <  1:3222240/69‑1 (MQ=255)               cAGGATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGcac                                          <  1:3067916/69‑1 (MQ=255)                aGGATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGcaca                                         <  1:1634015/69‑1 (MQ=255)                aGGATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGcaca                                         <  1:2823058/69‑1 (MQ=255)                    tGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAATTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTg                                      >  1:1196195/1‑68 (MQ=255)                    tGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCCGCACATTg                                      >  1:2860668/1‑68 (MQ=255)                    tGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTg                                      >  1:19688/1‑68 (MQ=255)                    tGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTg                                      >  1:1780686/1‑68 (MQ=255)                    tGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTg                                      >  1:30837/1‑68 (MQ=255)                     gCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGc                                     >  1:3226316/1‑68 (MQ=255)                     gCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGc                                     >  1:1937184/1‑68 (MQ=255)                     gCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGc                                     >  1:1550355/1‑68 (MQ=255)                     gCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGc                                     >  1:970337/1‑68 (MQ=255)                        gATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:552125/1‑68 (MQ=255)                        gATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:156217/1‑68 (MQ=255)                        gATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:1620869/1‑68 (MQ=255)                        gATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:1257303/1‑68 (MQ=255)                        gATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:967845/1‑68 (MQ=255)                        gATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:1700747/1‑68 (MQ=255)                        gATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:251483/1‑68 (MQ=255)                        gATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:2174020/1‑68 (MQ=255)                           gTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAAtgg                                                       >  1:39539/1‑44 (MQ=255)                           gTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:3430553/1‑65 (MQ=255)                           gTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:186462/1‑65 (MQ=255)                           gTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:2310661/1‑65 (MQ=255)                           gTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTAAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCaa                                  >  1:3073413/1‑65 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:3251398/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:2115347/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:2406882/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:2929887/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:2464647/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:3219371/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:2885282/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:2990858/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:3391366/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:2228601/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:1118037/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:961921/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:1853195/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:3315228/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:753816/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:1322046/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:1275974/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAACGGTGGGAAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:2495065/1‑69 (MQ=255)                              agcagcGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAAAGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGAt                           >  1:2925697/1‑69 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCTAAACAAGATCTGGCAACGGGa               >  1:1222687/1‑69 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACggg                >  1:412183/1‑68 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACggg                >  1:3171146/1‑68 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACggg                >  1:375880/1‑68 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGa               >  1:3025908/1‑69 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGa               >  1:2972474/1‑69 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGa               >  1:252943/1‑69 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGa               >  1:2450399/1‑69 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGa               >  1:3353426/1‑69 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGa               >  1:502248/1‑69 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGa               >  1:991058/1‑69 (MQ=255)                                          aaaTTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGAAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGa               >  1:2768204/1‑69 (MQ=255)                                             tttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAgg             <  1:448333/68‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAgg             <  1:2144815/67‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:3257043/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:156049/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:877984/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:418534/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:422116/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:3309327/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:1168613/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:2481877/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:2540908/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:2673235/69‑1 (MQ=255)                                              ttATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:1003396/69‑1 (MQ=255)                                               tATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCg           <  1:3258224/68‑1 (MQ=255)                                                      aTGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGtt   >  1:449669/1‑69 (MQ=255)                                                      aTGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGtt   >  1:453860/1‑69 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:1208178/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:1474705/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:661531/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:1421741/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:878215/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:1035057/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:1189920/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:1044817/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:2974156/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:1678234/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:2148049/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:2269160/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:3427683/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:3413654/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:2396790/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:2406303/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:2430411/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:2745320/60‑1 (MQ=255)                                                                ccAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:2883569/60‑1 (MQ=255)                                                                 cAACGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTc  <  1:2294728/59‑1 (MQ=255)                                                                    |                                                        AAGGTTCGCAGAACCAGGATGCGGATGTCAGCAGCGACGGTAAATTTATGGTAATGGTCAGCTCCAATGGTGGGCAGCAGCACATTGCCAAACAAGATCTGGCAACGGGAGGCGTACAAGTTC  >  minE/485183‑485305

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑