| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 498,627 | C→T | 51.0% | intergenic (‑117/+144) | galE ← / ← modF | UDP‑galactose‑4‑epimerase/fused subunits of molybdate transporter and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 498,627 | 0 | C | T | 51.0% | ‑5.4 / 42.8 | 49 | intergenic (‑117/+144) | galE/modF | UDP‑galactose‑4‑epimerase/fused subunits of molybdate transporter and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/9); new base T (2/23); total (17/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGATTGCGCTT > minE/498572‑498673 | tgACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGAt < 1:2996068/69‑1 (MQ=255)tgACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGAt < 1:3161246/69‑1 (MQ=255) tGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa < 1:2052874/69‑1 (MQ=255) gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:1351934/1‑67 (MQ=255) gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:438361/1‑67 (MQ=255) gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:1471050/1‑67 (MQ=255) gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:3020229/1‑67 (MQ=255) gAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATaa > 1:2992505/1‑67 (MQ=255) aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:628920/68‑1 (MQ=255) aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:873378/68‑1 (MQ=255) aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:1077832/68‑1 (MQ=255) aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:2918449/68‑1 (MQ=255) aTAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc < 1:2558991/68‑1 (MQ=255) aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:794066/1‑65 (MQ=255) aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:2496178/1‑65 (MQ=255) aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:2285903/1‑65 (MQ=255) aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:1259792/1‑65 (MQ=255) aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAAc > 1:1668718/1‑65 (MQ=255) aaTTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACagag > 1:1988281/1‑69 (MQ=255) gAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatg < 1:1970426/69‑1 (MQ=255) aTCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatga > 1:1654898/1‑68 (MQ=255) aTCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatga > 1:328470/1‑68 (MQ=255) aTCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatga > 1:1943065/1‑68 (MQ=255) aTCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTatga > 1:2123803/1‑68 (MQ=255) aaGAATTTAGCCGTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGATTGCGCtt > 1:1547583/1‑69 (MQ=255) aaGAATTTAGCCGTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATCAATGATTGCGCt > 1:2042536/1‑68 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:153478/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1315849/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:809441/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:806314/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:135782/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1374979/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1406025/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1998245/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:3265164/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:3212356/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:3208437/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1493494/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1511167/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2937518/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2657493/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1954985/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2415624/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2118249/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2204573/51‑1 (MQ=255) gTTTTTAATATGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2644088/51‑1 (MQ=255) tttttaATGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:1789608/50‑1 (MQ=255) tttttaATATGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2648035/50‑1 (MQ=255) aaTGTGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGAtt < 1:2130676/44‑1 (MQ=255) | TGACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGATTGCGCTT > minE/498572‑498673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |