| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 499,568 | C→T | 5.8% | A226T (GCA→ACA) | modF ← | fused subunits of molybdate transporter and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 499,568 | 0 | C | T | 5.8% | 375.9 / 4.2 | 166 | A226T (GCA→ACA) | modF | fused subunits of molybdate transporter and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/58); new base T (5/5); total (103/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
TCATCCGGCTCCGGCAGTTGCACACCTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCCGCCAGCACGCCAGCAAAC > minE/499504‑499635 | tCATCCGGCTCCGGCAGTTGCACACCTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCttgt < 1:1044139/69‑1 (MQ=255)tCATCCGGCTCCGGCAGTTGCACACCTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCttgt < 1:745948/69‑1 (MQ=255)tCATCCGGCTCCGGCAGTTGCACACCTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCttgt < 1:1141326/69‑1 (MQ=255)tCATCCGGCTCCGGCAGTTGCACACCTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCttgt < 1:3071624/69‑1 (MQ=255)tCATCCGGCTCCGGCAGTTGCACACCTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCttgt < 1:1166231/69‑1 (MQ=255) cATCCGGCTCCGGCAGTTGCACACCTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCttgt < 1:2270783/68‑1 (MQ=255) aGTTGCACACCTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCttgt < 1:938272/54‑1 (MQ=255) ttGCACACCTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCttgt < 1:2672199/52‑1 (MQ=255) ccTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCa > 1:2036734/1‑69 (MQ=255) ccTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCa > 1:2753421/1‑69 (MQ=255) ccTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCa > 1:3175068/1‑69 (MQ=255) ccTTCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCa > 1:1703451/1‑69 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:129180/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:2582413/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:271381/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:2945363/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:1152133/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:3202107/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:32155/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:3240543/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:332043/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:1513830/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:147555/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:458786/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:651688/69‑1 (MQ=255) ttCAAGCTGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTAGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt < 1:2190941/69‑1 (MQ=255) tGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCt > 1:398818/1‑69 (MQ=255) tGTTCACTATGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGGTTCCGCt > 1:355009/1‑69 (MQ=255) aTGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCa > 1:2160191/1‑69 (MQ=255) aTGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCa > 1:1343609/1‑69 (MQ=255) aTGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCa > 1:1998724/1‑69 (MQ=255) aTGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCa > 1:671268/1‑69 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGTTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGt > 1:1354461/1‑53 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGTTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCaa > 1:820978/1‑69 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGTTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCaa > 1:500712/1‑69 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTc < 1:2686978/38‑1 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTc < 1:2638577/38‑1 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTc > 1:2665251/1‑38 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTc < 1:663792/38‑1 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTc < 1:1819942/38‑1 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTc < 1:1582548/38‑1 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTa > 1:3008952/1‑45 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACg > 1:1804380/1‑64 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGt > 1:3039032/1‑65 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGt > 1:3134996/1‑65 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGt > 1:1767574/1‑65 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGt > 1:1694432/1‑65 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGt > 1:3352302/1‑65 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGt > 1:1924422/1‑65 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGt > 1:2234686/1‑65 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGt > 1:719871/1‑65 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCaa > 1:1488538/1‑69 (MQ=255) tGCGCCAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCaa > 1:2570822/1‑69 (MQ=255) cAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATcc > 1:1429746/1‑67 (MQ=255) cAGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATcc > 1:1828934/1‑67 (MQ=255) aGTTGCGTAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:310656/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:2070595/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:2163445/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:888208/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:769994/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:1069035/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:1387178/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:3249426/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:3421703/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:1449819/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:546660/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:358825/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:2082878/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:2913650/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:283273/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:2384889/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:2789612/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:2402310/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:1991215/1‑69 (MQ=255) aGTTGCGCAACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgcc > 1:1893671/1‑69 (MQ=255) ttGCGCGACGAGTGTTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccag < 1:1041395/69‑1 (MQ=255) ttGCGCGACGAGTGTTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccag < 1:1237213/69‑1 (MQ=255) ttGCGCGACGAGTGTTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccag < 1:2308574/69‑1 (MQ=255) ttGCGCGACGAGTGTTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccag < 1:1636625/69‑1 (MQ=255) ttGCGCGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccag < 1:373931/69‑1 (MQ=255) gcgcGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGc < 1:2525256/57‑1 (MQ=255) gcgcGACGAGTGCTTGTTGGAGCAGCTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGc < 1:3146031/57‑1 (MQ=255) aGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccagcacgccagca < 1:1265191/69‑1 (MQ=255) aGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccagcacgccagca < 1:1672380/69‑1 (MQ=255) aGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccagcacgccagca < 1:2443369/69‑1 (MQ=255) aGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccagcacgccagca < 1:2632120/69‑1 (MQ=255) aGTGCTTGTTGGAGCAGTTCCTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCccccagcacgccagca < 1:3294593/69‑1 (MQ=255) tGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCcgccagcacgccagca > 1:407879/1‑67 (MQ=255) tGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCCGCCAGCACGCCAGCaaa > 1:1452191/1‑69 (MQ=255) tGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCCGCCAGCACGCCAGCaaa > 1:3354967/1‑69 (MQ=255) tGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCCGCCAGCACGCCAGCaaa > 1:1348138/1‑69 (MQ=255) tGCTTGTTGGAGCAGTTCTTCTTTAGCGCCAGTTTCCGCTAACGTGCAATCCGCCAGCACGCCAGCaaa > 1:908156/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |