| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 521,195 | C→T | 31.1% | G405G (GGC→GGT) | uvrB → | excinulease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 521,195 | 0 | C | T | 31.1% | 69.1 / 36.3 | 77 | G405G (GGC→GGT) | uvrB | excinulease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/29); new base T (16/8); total (40/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
ATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGT > minE/521132‑521254 | aTTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCTACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGTGGCGa < 1:1984693/69‑1 (MQ=255)aTTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGTGGCGa < 1:2275867/69‑1 (MQ=255)aTTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGTGGCGa < 1:2677465/69‑1 (MQ=255)aTTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGTGGCGa < 1:750345/69‑1 (MQ=255)aTTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGTGGCGa < 1:3165191/69‑1 (MQ=255)aTTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGTGGCGa < 1:1906672/69‑1 (MQ=255)aTTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGTGGCGa < 1:1702874/69‑1 (MQ=255)aTTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGa < 1:493073/69‑1 (MQ=255)aTTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGa < 1:1677057/69‑1 (MQ=255) ttAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGTGGCGa < 1:178057/68‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:2306422/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:2529395/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt > 1:2847099/1‑69 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:2067544/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:3147917/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:3335607/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt > 1:456523/1‑69 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:152694/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt > 1:1470977/1‑69 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:1018799/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:686084/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:73203/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt > 1:1204177/1‑69 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt > 1:1010451/1‑69 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:1070419/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:1057980/69‑1 (MQ=255) aGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtg > 1:58221/1‑68 (MQ=255) cgcAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGtggtgg < 1:3400535/69‑1 (MQ=255) cgcAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGtggtgg < 1:2399434/69‑1 (MQ=255) 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gACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCg < 1:2700059/68‑1 (MQ=255) gCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGAtgt < 1:1247770/39‑1 (MQ=255) aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGTATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg > 1:3154794/1‑63 (MQ=255) aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg > 1:2543399/1‑63 (MQ=255) aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg > 1:3080969/1‑63 (MQ=255) aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAc < 1:3092860/69‑1 (MQ=255) aTTACGAGCTGGAAAATTCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAc > 1:3100249/1‑68 (MQ=255) aTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAc > 1:566955/1‑68 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCg > 1:2475879/1‑54 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:2507394/63‑1 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:2279542/63‑1 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:160080/63‑1 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:3328693/63‑1 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:1969179/1‑68 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:1909549/1‑68 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:1700599/1‑68 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGAGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:584152/1‑68 (MQ=255) cGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:2956113/62‑1 (MQ=255) ggAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:2305173/69‑1 (MQ=255) ggAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:1571880/69‑1 (MQ=255) gcaaaaaTCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:2171184/67‑1 (MQ=255) gAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:3122220/68‑1 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAg > 1:115720/1‑68 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:3328046/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:404286/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2653914/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:1359588/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:1946963/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:134812/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:3153401/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2789993/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:686778/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:716308/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:125427/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2126507/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGAATATCGAAGt > 1:3057018/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGAGCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:1837658/1‑69 (MQ=255) aaaaTCAGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2547/1‑69 (MQ=255) | ATTAGCGCCGCAAACCATCTATGTTTCGGCGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGT > minE/521132‑521254 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |