| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 521,228 | C→A | 40.5% | T416T (ACC→ACA) | uvrB → | excinulease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 521,228 | 0 | C | A | 40.5% | 48.4 / 57.4 | 69 | T416T (ACC→ACA) | uvrB | excinulease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/19); new base A (16/12); total (38/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
CGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAT > minE/521161‑521296 | cGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCg < 1:129953/69‑1 (MQ=255)cGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCg < 1:2725472/69‑1 (MQ=255) gACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCg < 1:2700059/68‑1 (MQ=255) aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGTATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg > 1:3154794/1‑63 (MQ=255) aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg > 1:3080969/1‑63 (MQ=255) aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTg > 1:2543399/1‑63 (MQ=255) aaTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAc < 1:3092860/69‑1 (MQ=255) aTTACGAGCTGGAAAATTCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAc > 1:3100249/1‑68 (MQ=255) aTTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGAc > 1:566955/1‑68 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCg > 1:2475879/1‑54 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:3328693/63‑1 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:2279542/63‑1 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:2507394/63‑1 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:160080/63‑1 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:1969179/1‑68 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:1909549/1‑68 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:1700599/1‑68 (MQ=255) aCGAGCTGGAAAAATCCGGCGGAGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCg > 1:584152/1‑68 (MQ=255) cGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTg < 1:2956113/62‑1 (MQ=255) ggAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:2305173/69‑1 (MQ=255) ggAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:1571880/69‑1 (MQ=255) gcaaaaaTCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:2171184/67‑1 (MQ=255) gAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGa < 1:3122220/68‑1 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAg > 1:115720/1‑68 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:404286/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2126507/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:3328046/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:3153401/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:1359588/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:125427/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2789993/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:1946963/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:134812/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:686778/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:716308/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2653914/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGAATATCGAAGt > 1:3057018/1‑69 (MQ=255) aaaaTCCGGTGGCGATGTGGTGGAGCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:1837658/1‑69 (MQ=255) aaaaTCAGGTGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGt > 1:2547/1‑69 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGTTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:1353687/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2986392/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:3284370/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:1324218/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2981774/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2967163/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:51957/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2900854/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2507004/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2346558/66‑2 (MQ=255) gtggcgATGTGGTGGATCAGGTGGGGCGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:268868/66‑2 (MQ=255) tggtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGTCGacac < 1:6004/69‑1 (MQ=255) tggtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGacac < 1:3177322/69‑1 (MQ=255) gtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGt > 1:67953/1‑50 (MQ=255) gtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAg > 1:3011972/1‑69 (MQ=255) gtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAg > 1:314648/1‑69 (MQ=255) gtggATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAg > 1:1205154/1‑69 (MQ=255) gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:2629392/1‑69 (MQ=255) gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:2532098/1‑69 (MQ=255) gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:3370197/1‑69 (MQ=255) gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:2483435/1‑69 (MQ=255) gATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGtt > 1:352556/1‑69 (MQ=255) cAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGAt < 1:2161346/35‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGAt < 1:3353160/35‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGAt < 1:3195979/35‑1 (MQ=255) cAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGAt < 1:1251889/35‑1 (MQ=255) gCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGAtcttct > 1:309970/1‑69 (MQ=255) gCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGAtcttct > 1:2965984/1‑69 (MQ=255) gCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGAtcttct > 1:1953769/1‑69 (MQ=255) cGTCCAACAGGCTTACTCGACCCGATTATCGAAGTGCGGcca < 1:2183254/42‑2 (MQ=25) cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:804931/1‑69 (MQ=255) cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:927665/1‑69 (MQ=255) cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:2947866/1‑69 (MQ=255) cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:2795002/1‑69 (MQ=255) cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:2121204/1‑69 (MQ=255) cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:1928407/1‑69 (MQ=255) cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:1407296/1‑69 (MQ=255) cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:1166043/1‑69 (MQ=255) cGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAt > 1:1162252/1‑69 (MQ=255) | CGACGCCGGGTAATTACGAGCTGGAAAAATCCGGCGGCGATGTGGTGGATCAGGTGGTGCGTCCAACCGGATTGCTTGACCCGATTATCGAAGTGCGGCCGGTGGCGACACAGGTTGATGATCTTCTTTCGGAGAT > minE/521161‑521296 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |