| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 59,017 | A→G | 31.8% | I642I (ATT→ATC) | hepA ← | RNA polymerase‑associated helicase protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 59,017 | 0 | A | G | 31.8% | 35.5 / 21.6 | 47 | I642I (ATT→ATC) | hepA | RNA polymerase‑associated helicase protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/24); new base G (3/12); total (11/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
CGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAG > minE/58950‑59082 | cGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTaaa < 1:2629632/69‑1 (MQ=255) cAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATa > 1:2702309/1‑68 (MQ=255) cAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAg > 1:1183622/1‑69 (MQ=255) cAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAg > 1:1407218/1‑69 (MQ=255) tCGGTCTCATCCGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCg > 1:2336275/1‑69 (MQ=255) tCGGTCTCATCCGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCg > 1:2601154/1‑69 (MQ=255) tCGGTCTCAACCGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCg > 1:1594538/1‑69 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTTTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:318766/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:3149819/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:3110144/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:310784/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:2857940/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:27762/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:3194565/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:549355/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:83276/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:109174/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:229537/69‑1 (MQ=255) cGGCGAGGCCAGATAGTTAATCAAATCGTTGTACACGCTATCGTAGATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGgt < 1:1934483/69‑1 (MQ=255) gCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCa < 1:2023424/69‑1 (MQ=255) gCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCa < 1:3400213/69‑1 (MQ=255) gCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCa < 1:72567/69‑1 (MQ=255) tAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCa > 1:1212815/1‑69 (MQ=255) aGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCa > 1:2756985/1‑68 (MQ=255) gTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATc < 1:2362958/69‑1 (MQ=255) gTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATc < 1:2964840/69‑1 (MQ=255) gTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATc < 1:2874743/69‑1 (MQ=255) gTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATc < 1:2646646/69‑1 (MQ=255) gTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATc < 1:1052019/69‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:446500/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:1205613/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:3426324/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:78367/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:3376809/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:1402997/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:1251512/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:1377088/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:1578900/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:3029549/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:1883653/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:1916157/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:26313/64‑1 (MQ=255) aGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCAGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:888128/64‑1 (MQ=255) gATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCa < 1:536534/63‑1 (MQ=255) ttGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGt < 1:2504419/67‑1 (MQ=255) gTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAg > 1:3217357/1‑69 (MQ=255) gTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAg > 1:1977567/1‑69 (MQ=255) gTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAg > 1:904618/1‑69 (MQ=255) | CGTCAAAGCCTTCGGTTTGATCCGGTGAAGCCAGATAGTTAATCAGATCGTTGTATACGCTATCGTAAATAGTGCGTCCGGTCGGGCAGGTGTGCTCAAATGCATCCAGACCTTCGTGATACCAGCGCACCAG > minE/58950‑59082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |