| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 526,404 | T→G | 55.7% | A22A (GCT→GCG) | ybhL → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 526,404 | 0 | T | G | 55.7% | 49.6 / 102.2 | 106 | A22A (GCT→GCG) | ybhL | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/15); new base G (18/41); total (50/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAAT > minE/526339‑526470 | aTGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:811006/69‑1 (MQ=255)aTGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:791108/69‑1 (MQ=255)aTGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:1110134/69‑1 (MQ=255)aTGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:2013531/69‑1 (MQ=255)aTGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:2012467/69‑1 (MQ=255)aTGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:336155/69‑1 (MQ=255)aTGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:517456/69‑1 (MQ=255)aTGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:523172/69‑1 (MQ=255)aTGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:567071/69‑1 (MQ=255) tGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:2280362/68‑1 (MQ=255) tGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCaa < 1:1594502/68‑1 (MQ=255) gACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTc > 1:232178/1‑69 (MQ=255) gACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTc > 1:622015/1‑69 (MQ=255) aCAGATTCCGACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCt > 1:1122886/1‑69 (MQ=255) aCAGATTCCCACGTTCTGATTCAATTGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCt > 1:1235117/1‑69 (MQ=255) aGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTAt > 1:458216/1‑69 (MQ=255) gATTCCCACGTTCTGATTCAATCTTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATg > 1:818813/1‑69 (MQ=255) gATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATg > 1:1584778/1‑69 (MQ=255) gATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATg > 1:388711/1‑69 (MQ=255) gATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATg > 1:150780/1‑69 (MQ=255) gATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATg > 1:1927601/1‑69 (MQ=255) gATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATg > 1:2100281/1‑69 (MQ=255) gATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATg > 1:2812402/1‑69 (MQ=255) cccACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:2525913/69‑1 (MQ=255) cccACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:383528/69‑1 (MQ=255) cccACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:1686671/69‑1 (MQ=255) cccACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:3164949/69‑1 (MQ=255) cccACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:3151033/69‑1 (MQ=255) cccACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:578293/69‑1 (MQ=255) cccACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:1190679/69‑1 (MQ=255) cccACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:776621/69‑1 (MQ=255) ccACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:607080/68‑1 (MQ=255) cGTACAGCCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGa > 1:437556/1‑53 (MQ=255) cGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATg > 1:2821467/1‑55 (MQ=255) cGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATg > 1:2333295/1‑55 (MQ=255) cAACCCCGGGCTGTCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTc > 1:2644884/1‑39 (MQ=255) cAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTc > 1:2778308/1‑39 (MQ=255) cAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTc > 1:2686398/1‑39 (MQ=255) cAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTc > 1:2964823/1‑39 (MQ=255) cAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTc > 1:493553/1‑39 (MQ=255) cAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTc > 1:1004203/1‑39 (MQ=255) cAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTg > 1:760283/1‑69 (MQ=255) cAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTg > 1:1352842/1‑69 (MQ=255) cAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTg > 1:871967/1‑69 (MQ=255) cccGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCg < 1:2350475/69‑1 (MQ=255) cccGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCg < 1:2430665/69‑1 (MQ=255) cccGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCg < 1:349921/69‑1 (MQ=255) ggctTGCAATCTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTg < 1:673845/35‑1 (MQ=255) ggctTGCAAACTTATATGGCGGAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:1255468/69‑1 (MQ=255) ggctTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCTATGTCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:661276/69‑1 (MQ=255) ggctTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:2934686/69‑1 (MQ=255) ggctTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:3244771/69‑1 (MQ=255) ggctTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:2905337/69‑1 (MQ=255) ggctTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:1622540/69‑1 (MQ=255) ggctTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:2098860/69‑1 (MQ=255) ggctTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:2522709/69‑1 (MQ=255) gctTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:161358/68‑1 (MQ=255) gctTGCAAACTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttgtt < 1:2579531/68‑1 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGTCttgtt > 1:615648/1‑45 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGt > 1:2267914/1‑68 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:3034861/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:807486/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:2377570/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:1210866/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:2262591/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:1275061/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:1463324/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:1599265/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:915702/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:3416478/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:3362822/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:3238962/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:3125112/1‑69 (MQ=255) aaCTTATATGGCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTa > 1:1753474/1‑69 (MQ=255) ggCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:2400449/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:1937428/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:106837/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:1130104/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:2309543/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:3114901/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:2417701/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:1233935/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:1913030/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:13427/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:1351335/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:2158045/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:47893/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:1749242/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:1613517/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:2088483/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:2934671/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATttg < 1:2029095/50‑1 (MQ=255) ggCGCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTCCTGACCGCATttg < 1:626232/50‑1 (MQ=255) gCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCAtt > 1:3310948/1‑47 (MQ=255) gCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTaa > 1:1057210/1‑68 (MQ=255) gCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAAt > 1:3131704/1‑69 (MQ=255) gCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAAt > 1:272120/1‑69 (MQ=255) gCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAAt > 1:2058151/1‑69 (MQ=255) gCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAAt > 1:994592/1‑69 (MQ=255) gCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAAt > 1:998804/1‑69 (MQ=255) | ATGGACAGATTCCCACGTTCTGATTCAATCGTACAACCCCGGGCTGGCTTGCAAACTTATATGGCTCAAGTCTATGGCTGGATGACCGTTGGCTTGTTGCTGACCGCATTTGTTGCCTGGTATGCGGCTAAT > minE/526339‑526470 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |