| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 527,724 | G→A | 37.6% | R159R (CGG→CGA) | ybhM → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 527,724 | 0 | G | A | 37.6% | 65.1 / 66.1 | 106 | R159R (CGG→CGA) | ybhM | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/40); new base A (26/14); total (52/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATA > minE/527662‑527791 | atgatgACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCAtt > 1:1548014/1‑69 (MQ=255) gaCGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGat > 1:1071480/1‑69 (MQ=255) gaCGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGat > 1:883952/1‑69 (MQ=255) gaCGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGa > 1:126589/1‑68 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGat > 1:687836/1‑63 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1695565/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:183259/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1879210/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1898785/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:2067114/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:2369377/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:2423454/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:244397/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:2927403/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:3334694/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:367479/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:553772/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1244944/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1235990/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:647276/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1161743/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1158457/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:700832/1‑69 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATATGtt < 1:2193608/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1589361/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1837997/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1102779/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1439491/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1864640/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:2659799/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:187487/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1552153/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:2027256/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:302683/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1930780/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:547475/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2177748/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:3420785/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:3070359/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2859500/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2349869/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2755049/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:344994/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:1929623/68‑1 (MQ=255) ccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2727689/67‑1 (MQ=255) tGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACGCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1449069/57‑1 (MQ=255) ggTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATtgt < 1:782974/69‑1 (MQ=255) ggTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATtgt < 1:681961/69‑1 (MQ=255) ggTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATtgt < 1:1158436/69‑1 (MQ=255) aaTCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1426815/69‑1 (MQ=255) atcatcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:2165229/68‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTgtgt < 1:3260118/64‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTgtgt < 1:3256932/64‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:2624521/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:928884/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:737013/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1213268/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:424589/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:312777/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1339303/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:3371357/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:2460480/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1517019/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:2381019/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1942648/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1879783/65‑1 (MQ=255) gAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:1299411/69‑1 (MQ=255) gAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:2993460/69‑1 (MQ=255) aaTGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:345676/68‑1 (MQ=255) aaTGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:419438/68‑1 (MQ=255) aaTGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:563339/68‑1 (MQ=255) gCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCAt > 1:217995/1‑68 (MQ=255) ttAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2054550/1‑69 (MQ=255) tAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTgtgt < 1:2116701/48‑1 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1545233/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1889108/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1113526/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1865200/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2020757/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1862499/1‑69 (MQ=255) 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tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2202599/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2901394/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2283999/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2750013/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2398609/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTATCATg > 1:2402898/1‑69 (MQ=255) gAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGa < 1:2178182/69‑1 (MQ=255) gAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGa < 1:1367786/69‑1 (MQ=255) ggCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATa < 1:2061904/69‑1 (MQ=255) ggCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATa < 1:3404028/69‑1 (MQ=255) | ATGATGACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATA > minE/527662‑527791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |