| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 527,734 | A→G | 30.9% | I163V (ATA→GTA) | ybhM → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 527,734 | 0 | A | G | 30.9% | 115.6 / 65.3 | 129 | I163V (ATA→GTA) | ybhM | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/55); new base G (26/14); total (60/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTG > minE/527667‑527800 | gaCGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGat > 1:1071480/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGat > 1:687836/1‑63 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:2369377/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:700832/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:647276/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:553772/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:367479/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:3334694/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:2927403/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:2423454/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1898785/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1879210/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1695565/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1235990/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1161743/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1158457/1‑69 (MQ=255) gACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAg > 1:1244944/1‑69 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:2659799/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1552153/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1589361/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:547475/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:302683/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1930780/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1837997/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1102779/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGtt < 1:187487/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2177748/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2349869/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2755049/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2859500/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:344994/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:3420785/68‑1 (MQ=255) cccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:1643985/68‑1 (MQ=255) ccTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATg < 1:2727689/67‑1 (MQ=255) tGGTAATCATCGTGAATGCCACATTAATGAGTGAACGACGCATTTGGGTAATAAGtt < 1:1449069/57‑1 (MQ=255) ggTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATtgt < 1:782974/69‑1 (MQ=255) aaTCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1426815/69‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTgtgt < 1:3256932/64‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTgtgt < 1:3260118/64‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:424589/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:2460480/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:2381019/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1213268/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:312777/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1339303/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1517019/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:928884/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1942648/65‑1 (MQ=255) gAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:327641/69‑1 (MQ=255) gAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:2993460/69‑1 (MQ=255) gAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:1299411/69‑1 (MQ=255) aaTGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:419438/68‑1 (MQ=255) gCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCAt > 1:217995/1‑68 (MQ=255) ttAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATtgt < 1:1323638/47‑1 (MQ=255) ttAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2054550/1‑69 (MQ=255) tAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTgtgt < 1:2116701/48‑1 (MQ=255) aaTGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCa > 1:2113230/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2901394/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2202599/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1862499/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1839682/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:175952/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:3363000/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:312778/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1865200/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2805143/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1889108/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2020757/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2489278/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1113526/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2398609/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2097296/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1033804/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:545570/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTATCATg > 1:2402898/1‑69 (MQ=255) cgAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1888704/2‑69 (MQ=255) gAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGa < 1:1367786/69‑1 (MQ=255) gAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGa < 1:2178182/69‑1 (MQ=255) ggCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATa < 1:984164/69‑1 (MQ=255) ggCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATa < 1:3404028/69‑1 (MQ=255) ggCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATa < 1:2061904/69‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTAtctc > 1:2528304/1‑47 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:600190/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:1520109/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:904275/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:703673/48‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:1301441/48‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2058802/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:650787/48‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:3308632/48‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2233354/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2253155/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:1245365/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2670623/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2902370/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTCTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:1818928/48‑1 (MQ=255) ggATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:850972/47‑1 (MQ=255) gATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTg < 1:746890/68‑1 (MQ=255) gATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTg < 1:3121497/68‑1 (MQ=255) gATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCACCTTg < 1:2895188/68‑1 (MQ=255) | GACGTTGACAGGGTTGGCCCTGGTAATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTG > minE/527667‑527800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |