| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 527,757 | G→C | 32.6% | V170V (GTG→GTC) | ybhM → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 527,757 | 0 | G | C | 32.6% | 162.8 / 109.7 | 147 | V170V (GTG→GTC) | ybhM | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/57); new base C (26/22); total (68/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
AATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCAT > minE/527691‑527820 | atcatcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:2165229/68‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTgtgt < 1:3260118/64‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:737013/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1213268/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:424589/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:2624521/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1942648/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:2460480/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:1879783/65‑1 (MQ=255) atcGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGtt < 1:312777/65‑1 (MQ=255) aaTGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:563339/68‑1 (MQ=255) aaTGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAgg < 1:419438/68‑1 (MQ=255) gCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCAt > 1:217995/1‑68 (MQ=255) ttAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2054550/1‑69 (MQ=255) tAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTgtgt < 1:2116701/48‑1 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2202599/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1889108/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:175952/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1839682/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1862499/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2750013/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2020757/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2097296/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2384614/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2398609/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1545233/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:2901394/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:3217535/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:3299368/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:3363000/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1338013/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1113526/1‑69 (MQ=255) tGAGTGAACGACCCATTTGGGTAATAAGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATg > 1:1033804/1‑69 (MQ=255) gAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGa < 1:1367786/69‑1 (MQ=255) ggCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATa < 1:984164/69‑1 (MQ=255) ggCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATa < 1:3404028/69‑1 (MQ=255) ggCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATa < 1:2061904/69‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTAtctc > 1:2528304/1‑47 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:1229335/48‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:3308632/48‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:1301441/48‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:2926561/48‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:1520109/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:43952/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2670623/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:1689709/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:904275/1‑48 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:650787/48‑1 (MQ=255) tGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg > 1:2253155/1‑48 (MQ=255) ggATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCg < 1:850972/47‑1 (MQ=255) gATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTg < 1:3121497/68‑1 (MQ=255) gATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTg < 1:746890/68‑1 (MQ=255) gATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCACCTTg < 1:2895188/68‑1 (MQ=255) ataaGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTg > 1:1697300/1‑69 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:1254001/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:1023398/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:1357732/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:3419403/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:2966142/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:2200301/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:1837359/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:1264040/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:493262/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:543629/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:2275814/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:587144/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:2427400/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:599143/69‑3 (MQ=255) aaGTTGCTTAATGATTGTCTTATGGGCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAACTgac < 1:2509161/69‑3 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCAt > 1:1501147/1‑40 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgg > 1:1882375/1‑68 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgg > 1:1610360/1‑68 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgg > 1:324481/1‑68 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgg > 1:150135/1‑68 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgg > 1:3082006/1‑68 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgg > 1:3407653/1‑68 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgg > 1:537685/1‑68 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgg > 1:2357601/1‑68 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCgg > 1:1553983/1‑68 (MQ=255) ttGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCg > 1:2776282/1‑67 (MQ=255) ttGATTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAAtt > 1:2844933/1‑63 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:598519/69‑1 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa > 1:2670894/1‑69 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:1690258/69‑1 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:1141321/69‑1 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:82307/69‑1 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa > 1:1862405/1‑69 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:977688/69‑1 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:2499476/69‑1 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa > 1:1397912/1‑69 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa > 1:2874282/1‑69 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:3409602/69‑1 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa > 1:3300332/1‑69 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:1380623/69‑1 (MQ=255) gCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:3262747/69‑1 (MQ=255) cTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:678787/68‑1 (MQ=255) cTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGa < 1:2311793/68‑1 (MQ=255) tAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGaaa < 1:3012359/68‑1 (MQ=255) tAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGaaa < 1:777315/68‑1 (MQ=255) aTTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCAt < 1:218067/69‑1 (MQ=255) | AATCATCGTGAATGCGGCATTAATGAGTGAACGGCCCATTTGGATAATAAGTTGCTTAATGATTGTGTTATGGTCAGGCATTATCTCGCATGGACGAAATAAGCTCCTTGAATTGGCGGGGAAATGCCAT > minE/527691‑527820 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |