| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 539,201 | T→C | 68.4% | intergenic (+510/+124) | rhlE → / ← dps | RNA helicase/Fe‑binding and storage protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 539,201 | 0 | T | C | 68.4% | 55.4 / 28.2 | 63 | intergenic (+510/+124) | rhlE/dps | RNA helicase/Fe‑binding and storage protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/17); new base C (14/29); total (17/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACG > minE/539143‑539264 | aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATTATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:2571762/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:3316037/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:2058000/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:2165179/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:2242123/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:2539180/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:2648920/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:2715718/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:3103901/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:3200318/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:1141820/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:3360525/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:412316/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:461968/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:515426/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:574281/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:655908/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:941633/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:963199/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:999258/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:1534162/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:1191076/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:1432859/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:1789248/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:1617283/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:1212059/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga < 1:1292021/69‑1 (MQ=255)aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTAATTAACCAGCTGggga < 1:3265419/69‑1 (MQ=255) aaaaaCAATCTTTATGTATCGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAACCAGCTGggga > 1:2645956/1‑68 (MQ=255) 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aCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa < 1:251238/69‑1 (MQ=255) tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga < 1:1889991/65‑1 (MQ=255) tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga < 1:499259/65‑1 (MQ=255) tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga < 1:2635233/65‑1 (MQ=255) tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga < 1:2880155/65‑1 (MQ=255) tGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgga < 1:2929892/65‑1 (MQ=255) gATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTggg > 1:694064/1‑69 (MQ=255) gATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTggg > 1:697954/1‑69 (MQ=255) gATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTggg > 1:115643/1‑69 (MQ=255) tttACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaa < 1:3225909/69‑1 (MQ=255) ttACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGcaaaacaa < 1:2499047/68‑1 (MQ=255) ttAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACg < 1:73182/68‑1 (MQ=255) ttAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACg < 1:188783/68‑1 (MQ=255) tAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACg < 1:3234652/67‑1 (MQ=255) | AAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACG > minE/539143‑539264 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |