| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 547,042 | C→T | 44.0% | L55L (CTG→TTG) | ybiT → | fused predicted transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 547,042 | 0 | C | T | 44.0% | 14.2 / 43.6 | 59 | L55L (CTG→TTG) | ybiT | fused predicted transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/23); new base T (15/11); total (25/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACTGCGTCAGGATCAGTTTGCCTTTGAA > minE/546986‑547110 | aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:1919251/69‑1 (MQ=255)aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:2165851/69‑1 (MQ=255)aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:125110/69‑1 (MQ=255)aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:1301549/69‑1 (MQ=255)aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:1379260/69‑1 (MQ=255)aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:1475956/69‑1 (MQ=255)aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:2928267/69‑1 (MQ=255)aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:1484154/69‑1 (MQ=255)aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:3236843/69‑1 (MQ=255)aCGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:3405867/69‑1 (MQ=255) cGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGttt < 1:3408560/68‑1 (MQ=255) ggTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGAt > 1:1631016/1‑69 (MQ=255) gTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGAt > 1:380891/1‑68 (MQ=255) gTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGAt > 1:2537268/1‑68 (MQ=255) tAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATc > 1:572330/1‑68 (MQ=255) aaTCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCa < 1:973050/69‑1 (MQ=255) aaTCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCa < 1:2402373/69‑1 (MQ=255) aaTCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCa < 1:50728/69‑1 (MQ=255) aaTCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCa < 1:1716934/69‑1 (MQ=255) tCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCa > 1:842149/1‑67 (MQ=255) cTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:1647193/69‑1 (MQ=255) cTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:317819/69‑1 (MQ=255) cTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:787968/69‑1 (MQ=255) cTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:2171757/69‑1 (MQ=255) cTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:594138/69‑1 (MQ=255) cTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:303317/69‑1 (MQ=255) cTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:1194623/69‑1 (MQ=255) tttATGAAGATCCTCGGCGGCGACGTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:1481523/68‑1 (MQ=255) tttATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:310788/68‑1 (MQ=255) tttATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:2533959/68‑1 (MQ=255) tttATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:2721739/68‑1 (MQ=255) gATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTa < 1:589151/68‑1 (MQ=255) ccTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:1043141/57‑1 (MQ=255) ccTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACt > 1:2550156/1‑69 (MQ=255) ccTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACt > 1:2515002/1‑69 (MQ=255) ccTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACt > 1:2166705/1‑69 (MQ=255) ccTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACt > 1:815154/1‑69 (MQ=255) ccTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACt > 1:1920182/1‑69 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCaa > 1:3383160/1‑42 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:1169874/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:449268/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:428901/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:1795971/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:1564694/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:3055717/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:3032047/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:1679372/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:2712624/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:1688827/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:1960738/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:195737/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGCCGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:1764699/1‑54 (MQ=255) cgACTTAGAGACGACGTTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTgg > 1:1559444/1‑54 (MQ=255) ccTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:821530/45‑1 (MQ=255) ctggAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACTGCGTCAGGATCAg < 1:1728808/66‑1 (MQ=255) cTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACTGCGTCAGGATCAg < 1:3394570/69‑1 (MQ=255) cTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACTGCGTCAGGATCAg < 1:89854/69‑1 (MQ=255) ttGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACTGCGTCAGGATCAg < 1:2592307/68‑1 (MQ=255) gACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAgcg < 1:3072650/36‑1 (MQ=255) cTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACTGCGTCAGGATCAGTTTGCCTTTGaa < 1:1687737/69‑1 (MQ=255) | ACGGTAGTGGTAAATCCACCTTTATGAAGATCCTCGGCGGCGACCTTGAGCCGACGCTGGGTAACGTTTCCCTCGATCCCAACGAGCGCATTGGTAAACTGCGTCAGGATCAGTTTGCCTTTGAA > minE/546986‑547110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |