| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 557,423 | A→C | 18.2% | intergenic (‑142/‑62) | moeA ← / → iaaA | molybdopterin biosynthesis protein/L‑asparaginase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 557,423 | 0 | A | C | 18.2% | 202.5 / 40.8 | 115 | intergenic (‑142/‑62) | moeA/iaaA | molybdopterin biosynthesis protein/L‑asparaginase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/49); new base C (5/16); total (50/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CTGGGTCCTGCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATACTATGG > minE/557366‑557488 | cTGGGTCCTGCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATaaaaa > 1:2622461/1‑69 (MQ=255)cTGGGTCCTGCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATaaaa > 1:1903780/1‑68 (MQ=255) gCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGata > 1:3135366/1‑68 (MQ=255) tGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGc > 1:1449957/1‑67 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:2937833/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:2225398/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:2209794/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:2258777/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:2068533/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:2324389/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:2021885/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:2546547/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:1736854/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:3038427/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:1068598/67‑1 (MQ=255) gCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:1194343/67‑1 (MQ=255) ccATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:801790/66‑1 (MQ=255) ccATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCaaaa > 1:2244561/1‑69 (MQ=255) ccATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCaaaa > 1:1337446/1‑69 (MQ=255) tgcATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTgg > 1:132464/3‑68 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTg > 1:1754185/1‑67 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTg > 1:2116544/1‑67 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTg > 1:1270791/1‑67 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTg > 1:1430346/1‑67 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTg > 1:3015581/1‑67 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATAtt > 1:879956/1‑54 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTgg > 1:557428/1‑68 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTgg > 1:745401/1‑68 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTgg > 1:2283345/1‑68 (MQ=255) tCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTgg > 1:3026243/1‑68 (MQ=255) ccATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCg > 1:1030300/1‑69 (MQ=255) tttCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:1149111/1‑69 (MQ=255) tttCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:1808775/1‑69 (MQ=255) tttCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:2836858/1‑69 (MQ=255) tttCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:2388786/1‑69 (MQ=255) tttCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:2002884/1‑69 (MQ=255) tttCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:1621167/1‑69 (MQ=255) tttCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacc < 1:3155477/68‑1 (MQ=255) attCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:542570/2‑69 (MQ=255) ttCTATATTCAAAAATTGAATGAGTCATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCa < 1:186279/54‑1 (MQ=255) atatTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGAAAAAGTGGCGAACCACCCtt > 1:2830719/1‑69 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGATTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:558541/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGGAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:3361209/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:2432818/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:3134907/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:817708/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:2491390/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:2673351/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:924408/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:1803423/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:1052938/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:1133264/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:1262162/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:1059498/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:1098337/66‑1 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTaa > 1:2395572/1‑68 (MQ=255) ttCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTaa > 1:2081537/1‑68 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAGAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATgg > 1:1496771/1‑69 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacc > 1:570769/1‑58 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCtt < 1:776373/64‑1 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATgg > 1:612438/1‑69 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATgg > 1:3352839/1‑69 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATgg > 1:1737852/1‑69 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATgg > 1:1413219/1‑69 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATg < 1:3172064/68‑1 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATg < 1:2673353/68‑1 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATg < 1:2131648/68‑1 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATg < 1:2981090/68‑1 (MQ=255) cAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATg < 1:2300739/68‑1 (MQ=255) aaaTTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACg < 1:1707631/69‑1 (MQ=255) aaTTGAATTAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGGGGCGAACCACCCTTAATGGACg < 1:1553446/68‑1 (MQ=255) aaTTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACg < 1:1190871/68‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATGGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:444656/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCTAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:2505223/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:498313/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:1484107/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:448308/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:1113841/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:1102476/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:3320520/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:3289541/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:325175/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:1262616/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:133226/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:1625103/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:1670550/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:2763944/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:2732512/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:2591433/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:1772694/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:1919431/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:1951810/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:2371058/69‑1 (MQ=255) gAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATAc < 1:2051857/69‑1 (MQ=255) aGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:1350379/1‑46 (MQ=255) aGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:1041632/1‑46 (MQ=255) aGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAacca > 1:498223/1‑46 (MQ=255) gTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATACTATgg > 1:726414/1‑68 (MQ=255) gTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATACTATgg > 1:64466/1‑68 (MQ=255) gTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATACTATgg > 1:2127930/1‑68 (MQ=255) | CTGGGTCCTGCCTTTACATGCCATATCCATCTTTCTATATTCAAAAATTGAATGAGTAATTCATAAAAATTCTGATATTTATAGCAAAAGTGGCGAACCACCCTTAATGGACGAATACTATGG > minE/557366‑557488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |