Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 560,690 | A→G | 29.8% | S175P (TCG→CCG) | ybjI ← | conserved hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 560,690 | 0 | A | G | 29.8% | 121.8 / 64.6 | 134 | S175P (TCG→CCG) | ybjI | conserved hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/32); new base G (23/17); total (85/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.11e-01 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AAGGCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAGTTC > minE/560625‑560747 | aaGGCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGacac < 1:3220613/69‑1 (MQ=255) gCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:2894268/69‑1 (MQ=255) gCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:1766947/69‑1 (MQ=255) gCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:1876449/69‑1 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGTCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:3022363/1‑68 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:2213028/1‑69 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:103616/1‑69 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:757047/1‑69 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:2502009/1‑68 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:2440470/1‑68 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:2060317/1‑68 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTAAGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:1834591/1‑69 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:598102/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:505106/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:463548/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:646709/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:3050807/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1032755/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2275765/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2062531/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1144029/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1531118/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1265439/69‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATTGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:578576/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:895391/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:3199736/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:117281/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:3406733/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:1828843/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:567975/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:623107/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:108394/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:2825109/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:2514685/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:158995/68‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1428000/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2137428/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1222819/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:723852/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2404472/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1600152/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2002132/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1903039/63‑1 (MQ=255) tACACCGGGGATAATCAGATCGATTCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:2180168/67‑1 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1367545/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1200094/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:2745424/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:3063140/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1555017/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:2142673/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:3293250/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:2040283/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:501881/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1108215/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1603528/1‑68 (MQ=255) gggATAATCAGATCGATGCTGGCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCg > 1:1784792/1‑57 (MQ=255) gggATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGt > 1:219898/1‑69 (MQ=255) gggATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTAGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGt > 1:2196739/1‑69 (MQ=255) gATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:2858784/45‑1 (MQ=255) gATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:1716795/45‑1 (MQ=255) aTCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCt > 1:2936680/1‑69 (MQ=255) aTCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCt > 1:2610185/1‑69 (MQ=255) aTCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCt > 1:2014686/1‑69 (MQ=255) aTCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGACGATGGCCTCATGTAATGCt > 1:1592406/1‑69 (MQ=255) aTCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCTTCATGTAATGCTTTTTg > 1:1756652/1‑69 (MQ=255) aTCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTg > 1:1468862/1‑69 (MQ=255) aTCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTg > 1:2415729/1‑69 (MQ=255) aTCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTg > 1:3024523/1‑69 (MQ=255) aTCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTg > 1:590178/1‑69 (MQ=255) aTCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTg > 1:1536561/1‑69 (MQ=255) tCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGt > 1:1412655/1‑69 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1098040/1‑39 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:1460276/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:3324111/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:3093671/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:2491739/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:874493/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:2709273/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAACGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:348299/1‑67 (MQ=255) gCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAg > 1:2145952/1‑69 (MQ=255) gCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAg > 1:3242308/1‑69 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGGAGTTGTGGGATCAGTTc > 1:2703523/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:3035870/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:1565450/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:2574280/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:1004061/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:754742/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:1269425/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:1733282/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:2881802/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:2360156/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:328822/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:2287700/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:179391/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:182755/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:3147684/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:3170316/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:349980/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:2098200/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:1464562/2‑66 (MQ=255) | AAGGCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAGTTC > minE/560625‑560747 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |