| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 560,691 | C→T | 29.7% | V174V (GTG→GTA) | ybjI ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 560,691 | 0 | C | T | 29.7% | 138.8 / 61.3 | 134 | V174V (GTG→GTA) | ybjI | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/32); new base T (23/17); total (85/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AAGGCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAGTTC > minE/560625‑560747 | aaGGCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGacac < 1:3220613/69‑1 (MQ=255) gCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:2894268/69‑1 (MQ=255) gCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:1766947/69‑1 (MQ=255) gCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:1876449/69‑1 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGTCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:3022363/1‑68 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:2213028/1‑69 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:103616/1‑69 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:757047/1‑69 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:2502009/1‑68 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:2440470/1‑68 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:2060317/1‑68 (MQ=255) cATTGGCTTTATGTAAGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:1834591/1‑69 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:598102/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:505106/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:463548/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:646709/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:3050807/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1032755/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2275765/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2062531/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1144029/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1531118/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1265439/69‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATTGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:578576/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:895391/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:3199736/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:117281/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:3406733/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:1828843/68‑1 (MQ=255) 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1:2404472/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1600152/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2002132/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1903039/63‑1 (MQ=255) tACACCGGGGATAATCAGATCGATTCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:2180168/67‑1 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1367545/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1200094/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:2745424/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:3063140/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1555017/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:2142673/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:3293250/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:2040283/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:501881/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1108215/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1603528/1‑68 (MQ=255) gggATAATCAGATCGATGCTGGCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCg > 1:1784792/1‑57 (MQ=255) gggATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGt > 1:219898/1‑69 (MQ=255) gggATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTAGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGt > 1:2196739/1‑69 (MQ=255) gATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:2858784/45‑1 (MQ=255) gATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCat < 1:1716795/45‑1 (MQ=255) aTCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCt > 1:2936680/1‑69 (MQ=255) 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1:1098040/1‑39 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:1460276/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:3324111/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:3093671/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:2491739/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:874493/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:2709273/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAACGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:348299/1‑67 (MQ=255) gCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAg > 1:2145952/1‑69 (MQ=255) gCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAg > 1:3242308/1‑69 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGGAGTTGTGGGATCAGTTc > 1:2703523/2‑66 (MQ=255) 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1:2287700/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:179391/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:182755/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:3147684/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:3170316/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:349980/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:2098200/2‑66 (MQ=255) atgGACCGGTACCATGATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGCACTTGTGGGATCAGTTc > 1:1464562/2‑66 (MQ=255) | AAGGCCATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAGTTC > minE/560625‑560747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |