| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 560,697 | A→G | 34.1% | I172I (ATT→ATC) | ybjI ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 560,697 | 0 | A | G | 34.1% | 85.4 / 67.2 | 117 | I172I (ATT→ATC) | ybjI | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/26); new base G (23/17); total (74/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAGTTCATCGGAAAGATTC > minE/560630‑560760 | cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGTCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:3022363/1‑68 (MQ=255)cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:103616/1‑69 (MQ=255)cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:2060317/1‑68 (MQ=255)cATTGGCTTTATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCata > 1:2440470/1‑68 (MQ=255)cATTGGCTTTATGTAAGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCataa > 1:1834591/1‑69 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:646709/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1531118/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2062531/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2199685/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2275765/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1265439/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:3050807/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:3259522/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:505106/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:598102/69‑1 (MQ=255) tttATGTACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1032755/69‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:3199736/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:2825109/68‑1 (MQ=255) gTACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:2514685/68‑1 (MQ=255) 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tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1600152/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2426519/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2137428/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2002132/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:723852/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2877185/63‑1 (MQ=255) tACGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:1903039/63‑1 (MQ=255) tACACCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTATGGACCGGTACCATGATATCGCCGATg < 1:597437/67‑1 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:3293250/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:2142673/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1367545/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1108215/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:3063140/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:501881/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1200094/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1555017/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1620156/1‑68 (MQ=255) aCGCCGGGGATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGc > 1:1603528/1‑68 (MQ=255) gggATAATCAGATCGATGCTGGCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCg > 1:1784792/1‑57 (MQ=255) gggATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGcc < 1:2042990/56‑1 (MQ=255) gggATAATCAGATCGATGCTGCCGTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGt > 1:557541/1‑69 (MQ=255) 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1:1518013/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:3324111/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:874493/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:3217107/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:3093671/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:1443750/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:2491739/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:2709273/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:1460276/1‑67 (MQ=255) gTTGCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAACGCTTTTTGTACTTGTGGa > 1:348299/1‑67 (MQ=255) gCCGGTGTGGACCGACACCATAATATCGCCGATGGCCTCATGTAATGCTTTTTGTACTTGTGGAATCAg > 1:2145952/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |