| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 579,722 | C→T | 22.3% | Y37Y (TAC→TAT) | clpS → | regulatory protein for ClpA substrate specificity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 579,722 | 0 | C | T | 22.3% | 109.2 / 22.9 | 80 | Y37Y (TAC→TAT) | clpS | regulatory protein for ClpA substrate specificity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/25); new base T (6/12); total (43/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCGCTAAAACCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAGAACGTGCAACGC > minE/579672‑579789 | gcgcTAAAACCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATGGAGTTTGtt < 1:3259888/69‑1 (MQ=255)gcgcTAAAACCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATGGAGTTTGtt < 1:1908401/69‑1 (MQ=255) aaaaCCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGa > 1:3068745/1‑69 (MQ=255) aaaaCCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGa > 1:181632/1‑69 (MQ=255) aaaaCCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGa > 1:2190711/1‑69 (MQ=255) aaaaCCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGa > 1:1967968/1‑69 (MQ=255) aaaCCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTATACTCCGATGGAGTTTGTTATTGAc > 1:3126810/1‑69 (MQ=255) aaaCCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTATACTCCGATGGAGTTTGTTATTGAc > 1:3432397/1‑69 (MQ=255) aaaCCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTATACTCCGATGGAGTTTGTTATTGAc > 1:2603292/1‑69 (MQ=255) aaaCCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTATACTCCGATGGAGTTTGTTATTGAc > 1:1889819/1‑69 (MQ=255) aaaCCGCCATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTATACTCCGATGGAGTTTGTTATTGAc > 1:2021916/1‑69 (MQ=255) aaaCCGCAATCTATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTATACTCCGATGGAGTTTGTTATTGAc > 1:85192/1‑69 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTacac > 1:1787133/1‑36 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTacac > 1:33366/1‑36 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTacac > 1:3285528/1‑36 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTacac > 1:735140/1‑36 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTacac > 1:1255136/1‑36 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTacac > 1:2293609/1‑36 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTaca > 1:2089646/1‑35 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATTGAGTTTGTTATTGACGTGTTACaaaa > 1:3280148/1‑69 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATGGAGTTTGTTAtt > 1:2049903/1‑55 (MQ=255) tATGTATAAAGTGATATTAGTCAATGATGATTACACTCCGATGGAGTTTGTTAtt > 1:3146429/1‑55 (MQ=255) 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1:1768790/63‑1 (MQ=255) atgatTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAg < 1:1287206/63‑1 (MQ=255) atgatTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAg < 1:819344/63‑1 (MQ=255) atgatTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAg < 1:2306790/63‑1 (MQ=255) atgatTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAg < 1:2577558/63‑1 (MQ=255) atgatTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAg < 1:3156980/63‑1 (MQ=255) atgatTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAg < 1:2813746/63‑1 (MQ=255) atgatTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAGAACGt > 1:1302939/1‑68 (MQ=255) atgatTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAGAACGt > 1:1417128/1‑68 (MQ=255) atgatTACACTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAGAACGt > 1:480277/1‑68 (MQ=255) acacTCCGATGGAGTTTGTTATTGACGTGTTACAAAAATTCTTTTCTTATGATGTAGAACGTGCAACGc > 1:924720/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |