| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 596,595 | C→T | 42.3% | L157L (CTG→TTG) | serS → | seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 596,595 | 0 | C | T | 42.3% | 34.3 / 65.9 | 92 | L157L (CTG→TTG) | serS | seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/35); new base T (21/18); total (39/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAG > minE/596535‑596660 | cGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGt > 1:3181610/1‑69 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATgg < 1:1082210/68‑2 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:634147/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:1829206/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:2043279/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:514088/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:420750/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:360685/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:3434185/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:3429464/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:3406379/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:2975706/68‑1 (MQ=255) tGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa < 1:99753/68‑1 (MQ=255) gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:2688759/69‑1 (MQ=255) gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:1558349/69‑1 (MQ=255) gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:3343630/69‑1 (MQ=255) gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:1316797/69‑1 (MQ=255) gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:1148203/69‑1 (MQ=255) gCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCa < 1:1118801/69‑1 (MQ=255) ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATg > 1:3101024/1‑56 (MQ=255) ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa > 1:2635982/1‑57 (MQ=255) ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa > 1:1888860/1‑57 (MQ=255) ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa > 1:3186804/1‑57 (MQ=255) ctGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGa > 1:648754/1‑57 (MQ=255) cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCATATTGCTCg < 1:378897/68‑1 (MQ=255) cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCg < 1:1815240/68‑1 (MQ=255) cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCg < 1:3117432/68‑1 (MQ=255) cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCg < 1:2627394/68‑1 (MQ=255) cTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCg < 1:2576914/68‑1 (MQ=255) cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:1567412/1‑69 (MQ=255) cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:353359/1‑69 (MQ=255) cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:689033/1‑69 (MQ=255) cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:2712061/1‑69 (MQ=255) cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:6735/1‑69 (MQ=255) cTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCa > 1:1293448/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAggg > 1:2951201/1‑42 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACt > 1:1708462/1‑68 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACt > 1:80174/1‑68 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2761326/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:972268/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:27428/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:3205173/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:129029/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1234038/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1375134/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:878901/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1771193/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2645381/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1599085/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2395531/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2324830/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:532806/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:2112054/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:604682/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:631124/1‑69 (MQ=255) gCAGTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTg > 1:1916145/1‑69 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:437417/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:3393074/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:544339/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:320121/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:638803/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1094253/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2562323/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1990248/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:220337/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2273889/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2301549/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1826881/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1752586/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1578398/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:1445493/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACTGGTTCCCGCGTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2680664/62‑1 (MQ=255) gTTAAGTTGACT‑GTTTCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:2170166/61‑1 (MQ=255) ttAAGTTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCgcgc < 1:463704/61‑1 (MQ=255) ttAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATT‑CTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:590792/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:1688652/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:164448/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:111282/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:1628411/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:1968361/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:1363690/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:2012008/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:2477179/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:2660695/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:3328419/69‑1 (MQ=255) tAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa < 1:2967444/69‑1 (MQ=255) aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa > 1:2633802/1‑68 (MQ=255) aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCa > 1:2833853/1‑68 (MQ=255) aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAg > 1:263131/1‑69 (MQ=255) aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAg > 1:278710/1‑69 (MQ=255) aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAg > 1:837122/1‑69 (MQ=255) aaGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAg > 1:3047367/1‑69 (MQ=255) | CGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAG > minE/596535‑596660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |