| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 596,924 | C→T | 17.7% | C266C (TGC→TGT) | serS → | seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 596,924 | 0 | C | T | 17.7% | 107.0 / 11.8 | 67 | C266C (TGC→TGT) | serS | seryl‑tRNA synthetase, also charges selenocysteinyl‑tRNA with serine |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/18); new base T (6/6); total (43/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.91e-01 | |||||||||||
AACCTGGTGCGCGGTGAAATCATCGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGTATGCACCAGTTC > minE/596856‑596987 | aaCCTGGTGCGCGGTGAAATCATCGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGc > 1:179154/1‑69 (MQ=255)aaCCTGGTGCGCGGTGAAATCATCGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGc > 1:1499065/1‑69 (MQ=255) aaaTCATCGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCg > 1:943756/1‑69 (MQ=255) aaaTCATCGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCg > 1:492491/1‑69 (MQ=255) atcatcGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCCCACCCCATGCTTCCGtt > 1:3377682/1‑58 (MQ=255) atcatcGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGcc > 1:2930675/1‑66 (MQ=255) atcatcGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCgg > 1:774571/1‑68 (MQ=255) atcatcGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCg > 1:1043151/1‑67 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCTGGTTCATATGGTCGt < 1:1903053/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCTGGTTCATATGGTCGt < 1:3039267/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCTGGTTCATATGGTCGt < 1:3075651/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCTGGTTCATATGGTCGt < 1:1105549/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCTGGTTCATATGGTCGt < 1:1158450/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTTATATGGTCGt < 1:397048/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:2865971/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:1718546/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt > 1:1255257/1‑69 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:2484665/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:1937843/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:397081/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:2364933/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:3278401/69‑1 (MQ=255) gatgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGGTCATATGGTCGt < 1:2049626/69‑1 (MQ=255) atgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCTGGTTCATATGGTCGt < 1:25306/68‑1 (MQ=255) atgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:2066248/68‑1 (MQ=255) atgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:113792/68‑1 (MQ=255) atgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:2550007/68‑1 (MQ=255) atgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGt < 1:1417429/68‑1 (MQ=255) tgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCata > 1:874272/1‑60 (MQ=255) tgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCata > 1:2403046/1‑60 (MQ=255) tgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCata > 1:844586/1‑60 (MQ=255) tgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCata > 1:687056/1‑60 (MQ=255) tgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCata > 1:1561828/1‑60 (MQ=255) tgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCata > 1:821713/1‑60 (MQ=255) tgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCata > 1:2994054/1‑60 (MQ=255) tgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCata > 1:2823994/1‑60 (MQ=255) tgatCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCat > 1:2017539/1‑59 (MQ=255) cTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACAcc > 1:1419495/1‑69 (MQ=255) aaGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:2775911/1‑69 (MQ=255) aaGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg < 1:2927296/69‑1 (MQ=255) aaGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg < 1:812899/69‑1 (MQ=255) aaGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg < 1:2808083/69‑1 (MQ=255) aaGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg < 1:1317784/69‑1 (MQ=255) aaGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg < 1:2046585/69‑1 (MQ=255) aCCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGt > 1:591054/1‑69 (MQ=255) aCCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGt > 1:1199708/1‑69 (MQ=255) aCCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGt > 1:1221123/1‑69 (MQ=255) aCCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGt > 1:3009091/1‑69 (MQ=255) aCCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGt > 1:1659674/1‑69 (MQ=255) aCCGCCCACACCCCATGTTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGt > 1:819408/1‑69 (MQ=255) cacaCCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGTATGc > 1:2255178/1‑67 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCTTATGGTCGTGACACCCGTGGTCt > 1:2964096/1‑52 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGaca > 1:703423/1‑42 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACCCCCGTGGTCTg > 1:61509/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:1471920/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:775593/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:743298/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:1427358/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:826085/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:1079730/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:965062/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:568754/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:1881793/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:385329/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:3244409/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:2476936/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:2559988/1‑53 (MQ=255) ccccATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTg > 1:2994967/1‑53 (MQ=255) cATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGTATGCACCAGTTc > 1:1959926/1‑68 (MQ=255) cTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCTTGACACCCGTGGTCTGATCCg < 1:2894668/51‑1 (MQ=255) cTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCg < 1:659221/51‑1 (MQ=255) cTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCg < 1:2114091/51‑1 (MQ=255) cTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCg < 1:3059172/51‑1 (MQ=255) cTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCg < 1:2715970/51‑1 (MQ=255) cTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCg < 1:1023561/51‑1 (MQ=255) | AACCTGGTGCGCGGTGAAATCATCGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAAGCCGGTTCATATGGTCGTGACACCCGTGGTCTGATCCGTATGCACCAGTTC > minE/596856‑596987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |