| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 601,089 | A→G | 53.1% | I120V (ATA→GTA) ‡ | dmsC → | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 601,089 | 0 | A | G | 53.1% | 15.5 / 99.0 | 115 | I120V (ATA→GTA) ‡ | dmsC | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/18); new base G (27/34); total (63/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATAC > minE/601023‑601156 | ggcggcCTCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATa > 1:440783/1‑69 (MQ=255)ggcggcATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATa > 1:1217183/1‑69 (MQ=255)ggcggcATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATa > 1:833371/1‑69 (MQ=255) tGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTg > 1:133882/1‑69 (MQ=255) aGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATa > 1:2879993/1‑35 (MQ=255) aGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTgg > 1:948570/1‑68 (MQ=255) gCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:21124/69‑1 (MQ=255) gTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatgat < 1:2258283/69‑1 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2601647/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2336322/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2960521/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2125136/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:1961908/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:33733/1‑69 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTTgatg < 1:1415835/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2533688/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1460145/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:3248437/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2404574/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1668440/60‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:2294691/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:2419895/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:145662/1‑68 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:1458106/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:2965739/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:1458353/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:1505765/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:1391555/1‑69 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCTTGTGTATAACAGCa < 1:645763/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACTGCa < 1:9245/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:625892/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1072355/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2679049/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:475721/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:268503/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2788760/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:588121/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2794158/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3371814/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3350981/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3295061/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2926425/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:627415/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3261523/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2976794/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3209287/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1751828/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2114292/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2079640/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2180958/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2218039/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1384830/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:13493/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1230327/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1917887/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGAGTGTGTATAACAGCa < 1:1627858/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTCGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3162993/67‑1 (MQ=255) ttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2292559/67‑1 (MQ=255) ttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGCTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1945619/67‑1 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGGGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2337063/1‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |