Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 601,091 | A→G | 54.7% | I120M (ATA→ATG) ‡ | dmsC → | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 601,091 | 0 | A | G | 54.7% | 23.5 / 88.2 | 111 | I120M (ATA→ATG) ‡ | dmsC | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/18); new base G (27/33); total (59/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.62e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATAC > minE/601023‑601156 | ggcggcCTCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATa > 1:440783/1‑69 (MQ=255) ggcggcATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATa > 1:1217183/1‑69 (MQ=255) ggcggcATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATa > 1:833371/1‑69 (MQ=255) tGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCtt < 1:436712/68‑1 (MQ=255) tGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTg > 1:133882/1‑69 (MQ=255) aGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATa > 1:2879993/1‑35 (MQ=255) aGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTgg > 1:948570/1‑68 (MQ=255) gCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:21124/69‑1 (MQ=255) gTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatgat < 1:2258283/69‑1 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2336322/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:1449601/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2125136/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2960521/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:33733/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:1961908/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2601647/1‑69 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2404574/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:748152/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2257266/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2533688/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1846060/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:3248437/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1668440/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:396593/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1460145/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1622599/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1318309/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGACGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2889558/60‑1 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGt > 1:2883073/1‑48 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:3364863/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:145662/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:2104741/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:2419895/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:1923778/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:1828013/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:1730095/1‑68 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:206789/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:1505765/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:2965739/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:2121953/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:1458106/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:1391555/1‑69 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCTTGTGTATAACAGCa < 1:645763/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACTGCa < 1:9245/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:727805/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3371814/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2788760/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2794158/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:475721/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3350981/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:588121/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2926425/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2976794/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3295061/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:625892/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3209287/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3261523/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2679049/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1751828/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1917887/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2079640/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1384830/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:13493/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2218039/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2275021/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1230327/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1072355/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGAGTGTGTATAACAGCa < 1:1627858/67‑1 (MQ=255) ttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2292559/67‑1 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGGGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2337063/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGtata > 1:1600481/1‑61 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1222381/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1434636/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1160505/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1441583/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2672347/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:3260816/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1693096/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1826153/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:3015364/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2117401/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:212007/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2142309/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:279901/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1006251/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2561646/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2730773/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAt > 1:2345412/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAt > 1:3344821/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAt > 1:3138929/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAt > 1:2778861/1‑68 (MQ=255) gCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatga > 1:700746/1‑44 (MQ=255) gCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatga > 1:272079/1‑44 (MQ=255) gCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatga > 1:762225/1‑44 (MQ=255) gCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatga > 1:2140380/1‑44 (MQ=255) gATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATAc < 1:1711712/69‑1 (MQ=255) aGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:3009303/36‑1 (MQ=255) aGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:89744/36‑1 (MQ=255) aGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:1743393/36‑1 (MQ=255) aGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:957619/36‑1 (MQ=255) | GGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATAC > minE/601023‑601156 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |