| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 601,112 | C→A | 49.2% | V127V (GTC→GTA) | dmsC → | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 601,112 | 0 | C | A | 49.2% | 30.4 / 215.6 | 187 | V127V (GTC→GTA) | dmsC | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/55); new base A (27/65); total (67/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
AGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTG > minE/601057‑601180 | gCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:21124/69‑1 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:1961908/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2960521/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2125136/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2336322/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:1449601/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:33733/1‑69 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTTgatg < 1:1415835/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:3248437/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1846060/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1668440/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2257266/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1460145/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2533688/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1318309/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGACGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2889558/60‑1 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:1923778/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:2104741/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:1730095/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:3364863/1‑68 (MQ=255) 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tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3261523/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3209287/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2679049/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:625892/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1230327/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1384830/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:727805/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1751828/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGAGTGTGTATAACAGCa < 1:1627858/67‑1 (MQ=255) ttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2292559/67‑1 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGtata > 1:1600481/1‑61 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2869017/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:212007/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2142309/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:398408/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1826153/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2672347/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1006251/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2561646/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1160505/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAt > 1:3138929/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAt > 1:2778861/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAt > 1:3344821/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAt > 1:2345412/1‑68 (MQ=255) gATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATAc < 1:1711712/69‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATTGTGCgtgtgt < 1:2732921/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1060781/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:3037485/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1187329/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:828179/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:2882021/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1054515/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:2032573/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1357468/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:2707645/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:2687086/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1441183/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:36773/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1472735/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:227540/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:720799/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:713072/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:44748/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTATTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1267722/49‑1 (MQ=255) aGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:957619/36‑1 (MQ=255) aGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:3009303/36‑1 (MQ=255) aGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:1743393/36‑1 (MQ=255) gTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:284254/35‑1 (MQ=255) gTGACGAAGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1888523/49‑1 (MQ=255) gACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTcc > 1:3172154/1‑69 (MQ=255) aCGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCg < 1:3128208/69‑1 (MQ=255) aCGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCg < 1:1101188/69‑1 (MQ=255) aCGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCg < 1:1346648/69‑1 (MQ=255) aCGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCg < 1:2116756/69‑1 (MQ=255) cTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtt > 1:1691245/1‑48 (MQ=255) cTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtt > 1:3334029/1‑48 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAg < 1:2235429/66‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |