| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 601,113 | A→G | 48.7% | I128V (ATC→GTC) | dmsC → | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 601,113 | 0 | A | G | 48.7% | ‑0.4 / 180.3 | 189 | I128V (ATC→GTC) | dmsC | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/57); new base G (27/65); total (67/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.62e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
AGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGG > minE/601057‑601181 | gTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatgat < 1:2258283/69‑1 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:1961908/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:2336322/1‑69 (MQ=255) aCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGt > 1:1449601/1‑69 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTTgatg < 1:1415835/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:2533688/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1846060/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1622599/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1460145/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:1318309/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:3248437/60‑1 (MQ=255) gCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgatg < 1:396593/60‑1 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGt > 1:2883073/1‑48 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:773723/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:1923778/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:2419895/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:3364863/1‑68 (MQ=255) gCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt > 1:2104741/1‑68 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:1391555/1‑69 (MQ=255) cTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGc > 1:1458106/1‑69 (MQ=255) 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tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:588121/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1751828/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2976794/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:1230327/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:13493/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2926425/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:3261523/67‑1 (MQ=255) tttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:727805/67‑1 (MQ=255) ttgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCa < 1:2292559/67‑1 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2117401/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2869017/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1671199/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1693096/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:279901/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2963665/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1826153/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1160505/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:1006251/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:2561646/1‑68 (MQ=255) tgGCTGGTGGTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtc > 1:3015364/1‑68 (MQ=255) 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ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1383550/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1441183/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:720799/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1636949/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:406775/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1734093/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:2032573/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:227540/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:2152864/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:2687086/49‑1 (MQ=255) ggTGACGATGGTTATTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1267722/49‑1 (MQ=255) aGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGgat < 1:957619/36‑1 (MQ=255) gTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGtt < 1:3082275/69‑1 (MQ=255) gTGACGAAGGTTCTTGGCGTAGTCTTTGTCTGGATGATGGTGCgtgtgt < 1:1888523/49‑1 (MQ=255) gACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTcc > 1:3172154/1‑69 (MQ=255) aCGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCg < 1:1101188/69‑1 (MQ=255) aCGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCg < 1:1480925/69‑1 (MQ=255) cTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtt > 1:2848246/1‑48 (MQ=255) cTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtt > 1:3378276/1‑48 (MQ=255) cTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtt > 1:3384771/1‑48 (MQ=255) cTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtt > 1:1410175/1‑48 (MQ=255) cTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCAtt > 1:3334029/1‑48 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAg < 1:939602/66‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAg < 1:750862/66‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAg < 1:2911722/66‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCa < 1:2941558/68‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCa < 1:899577/68‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCa < 1:1219780/68‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCa < 1:737929/68‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCa < 1:1729187/68‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCa < 1:2241567/68‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCa < 1:2385967/68‑1 (MQ=255) cGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCa < 1:2727248/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGa > 1:1563897/1‑41 (MQ=255) aTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCg > 1:2793962/1‑51 (MQ=255) aTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGCCCTGGTACAGCATCTg > 1:480906/1‑68 (MQ=255) aTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTg < 1:2325123/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTg < 1:2609519/68‑1 (MQ=255) | AGCTGTCACCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGG > minE/601057‑601181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |