| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 214,925 | A→C | 82.2% | D12A (GAT→GCT) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 214,925 | 0 | A | C | 82.2% | 2264.6 / 249.4 | 777 | D12A (GAT→GCT) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/68); new base C (372/265); total (444/333) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 779 total aligned reads displayed.
ACTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGC > minE/214856‑214994 | aaaCGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGa < 1:1839255/70‑1 (MQ=255) actcAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAac > 1:2025288/4‑70 (MQ=255) ctcAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacca > 1:2087199/3‑71 (MQ=255) aCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAaccac < 1:3076355/71‑1 (MQ=255) aaGTCTGACATATATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccacc < 1:396950/70‑1 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccac < 1:3786570/69‑1 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCg > 1:4547630/1‑71 (MQ=255) gTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg > 1:1800424/1‑70 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCTTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg < 1:2541620/69‑1 (MQ=255) aTAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:4362631/1‑70 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccacc < 1:751566/60‑1 (MQ=255) tAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:795720/71‑1 (MQ=255) aaaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1970815/1‑68 (MQ=255) aaaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTAGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:87104/1‑68 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:2337818/1‑67 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:387481/1‑67 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCG‑AACCACCGGTATGAACCAGAt > 1:3584944/1‑71 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:103706/71‑1 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt > 1:1894951/1‑71 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:2443767/71‑1 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:1684117/71‑1 (MQ=255) tGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:502989/71‑1 (MQ=255) tGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:2148821/71‑1 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTg < 1:3338280/70‑1 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTg < 1:2994690/70‑1 (MQ=255) gCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTAt < 1:538590/56‑1 (MQ=255) cTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg < 1:4077761/71‑1 (MQ=255) cTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGa < 1:730969/43‑1 (MQ=255) aTGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg < 1:2607104/65‑1 (MQ=255) tGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc < 1:4203981/71‑1 (MQ=255) gAGGACTGCAATTACACGCCAGATGGTTCTCGATACCg > 1:2211377/1‑38 (MQ=37) gAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTAc > 1:1740295/1‑36 (MQ=255) gAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCg > 1:4594889/1‑38 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:3543818/1‑71 (MQ=255) gCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt < 1:914274/71‑1 (MQ=255) gCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt < 1:1203073/71‑1 (MQ=255) gCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt < 1:1873138/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:2508577/71‑1 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:4114517/71‑1 (MQ=255) aCTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa > 1:4173563/1‑65 (MQ=255) aCTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:4404462/1‑70 (MQ=255) aCTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGa < 1:2251243/71‑1 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg > 1:1005105/1‑69 (MQ=255) cTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGaa < 1:4335100/35‑1 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:3235670/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg > 1:141991/1‑44 (MQ=38) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:3910857/1‑47 (MQ=39) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:3447837/1‑51 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg < 1:3931264/70‑1 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:694559/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:2701012/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:4285728/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAg > 1:1178638/1‑50 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:2820759/1‑55 (MQ=255) aTTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCca > 1:4241319/1‑71 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg < 1:2798963/41‑1 (MQ=38) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGt > 1:2371496/1‑53 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:1601613/71‑1 (MQ=255) ttACACGACAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGaa < 1:1076041/43‑1 (MQ=37) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt > 1:2934135/1‑47 (MQ=39) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGt > 1:1236357/1‑51 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2278134/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:352976/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:1271801/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:3643534/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACAGGTATGaa > 1:332031/1‑41 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTg > 1:2406333/1‑51 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAg < 1:2884808/71‑1 (MQ=255) cacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAg < 1:1401096/71‑1 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATc < 1:3049524/71‑1 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGa > 1:2667503/1‑40 (MQ=38) cAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAt > 1:3200704/1‑71 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAt > 1:3277061/1‑71 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTg > 1:3688557/1‑46 (MQ=255) cAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAt > 1:3354025/1‑71 (MQ=255) aGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAg < 1:4456336/38‑1 (MQ=37) aGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:3134244/1‑56 (MQ=255) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTg < 1:466971/41‑1 (MQ=38) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:665890/52‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa < 1:1475462/67‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTga < 1:4051125/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGt > 1:2052968/1‑41 (MQ=38) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:1514229/1‑53 (MQ=255) tCGTTATCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGa < 1:1352215/63‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:840488/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:3495522/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:1645542/1‑67 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAt > 1:3829922/1‑71 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAtt < 1:2766293/35‑1 (MQ=37) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgaga > 1:1934712/1‑69 (MQ=255) tctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:1294753/1‑36 (MQ=37) tctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCa > 1:3170837/1‑62 (MQ=255) tctcGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:4519688/1‑36 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg > 1:3617632/1‑71 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg > 1:619106/1‑71 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg > 1:1773915/1‑71 (MQ=255) ctcGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg > 1:816105/1‑71 (MQ=255) tcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGATGGCCACAAg > 1:3713726/1‑56 (MQ=255) tcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTg > 1:1124814/1‑69 (MQ=255) gATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTg > 1:337766/1‑70 (MQ=255) | ACTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGC > minE/214856‑214994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |