Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 2,573,001 | C→T | 5.7% | intergenic (+1769/‑10) | yibH → / → ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 2,573,001 | 0 | C | T | 5.7% | 435.2 / 10.7 | 141 | intergenic (+1769/‑10) | yibH/ysaB | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/66); new base T (6/2); total (71/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTCTATAC > minE/2572934‑2573071 | ttAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACgg > 1:4116546/1‑70 (MQ=255) aaGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTaa > 1:3329223/1‑71 (MQ=255) aaGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTaa > 1:2719652/1‑71 (MQ=255) gagaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAttt < 1:3132970/71‑1 (MQ=255) gagaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAttt < 1:2730547/71‑1 (MQ=255) gaTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTaa > 1:1497005/1‑71 (MQ=255) aTTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAat < 1:1706291/71‑1 (MQ=255) ttCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAat < 1:1249587/70‑1 (MQ=255) tCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCATACGGTAATTTAatga > 1:3027651/1‑71 (MQ=255) aaGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatgat > 1:1936242/1‑71 (MQ=255) aaGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgat > 1:2674801/1‑68 (MQ=255) aGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAAGCAGACGGTAATTTAatgatgat > 1:4246309/1‑70 (MQ=255) aGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatga > 1:1228843/1‑69 (MQ=255) gATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAAtgatgatga < 1:127235/71‑1 (MQ=255) tatCAGCCACTATACCGATATAAATAAAAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAAc > 1:4664395/1‑71 (MQ=255) tCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAtt < 1:1340276/55‑1 (MQ=255) aGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatg < 1:1440729/58‑1 (MQ=255) aGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctt < 1:1643832/71‑1 (MQ=255) aGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctt > 1:3769393/1‑71 (MQ=255) aGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGct < 1:804580/70‑1 (MQ=255) gCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGct < 1:2017543/69‑1 (MQ=255) cacaATACCGATATAAATAATAAGAGTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatg > 1:3016588/1‑55 (MQ=39) cACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatg > 1:2737246/1‑58 (MQ=255) aCTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctttctt < 1:3615422/71‑1 (MQ=255) aCTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTAGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctttctt > 1:1480994/1‑71 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACg > 1:404454/1‑40 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTcc > 1:4273651/1‑71 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTcc > 1:4125826/1‑71 (MQ=255) ataCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTcc > 1:3788188/1‑71 (MQ=255) taCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAAt > 1:2615623/1‑44 (MQ=255) taCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCg > 1:500648/1‑71 (MQ=255) taCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCg > 1:2927570/1‑71 (MQ=255) aCCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCgg > 1:4515694/1‑71 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCgg > 1:1025401/1‑70 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCgg > 1:1180087/1‑70 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGc < 1:203084/71‑1 (MQ=255) ccGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGc < 1:33953/71‑1 (MQ=255) cGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGc < 1:2211680/70‑1 (MQ=255) gATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGAGGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCaa < 1:3120844/71‑1 (MQ=255) 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1:3866621/71‑1 (MQ=255) taataaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGgcg > 1:1972507/1‑68 (MQ=255) aataaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAatgatg > 1:153486/1‑40 (MQ=255) ataaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCtttctttc > 1:918214/1‑55 (MQ=255) ataaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTa < 1:674035/70‑1 (MQ=255) ataaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTAt > 1:543181/1‑71 (MQ=255) taaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATg > 1:672906/1‑71 (MQ=255) aaGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCaa < 1:3165603/59‑1 (MQ=255) aGACTCACTTGCAAACCAGATGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGt < 1:2056724/71‑1 (MQ=255) aGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGt < 1:3288557/71‑1 (MQ=255) aCTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGc < 1:342447/71‑1 (MQ=255) cTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctttcttt < 1:1870134/48‑1 (MQ=255) tCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATg > 1:1670146/1‑56 (MQ=255) tCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATg > 1:3984661/1‑56 (MQ=255) tCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGgcgc < 1:1925539/60‑1 (MQ=255) tCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGc > 1:3818356/1‑69 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACTGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTa < 1:689266/69‑1 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTAt > 1:1501048/1‑62 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGc < 1:1029450/67‑1 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAg < 1:2675265/70‑1 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGt < 1:2380365/71‑1 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGt > 1:3456313/1‑71 (MQ=255) aCTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGt > 1:4621212/1‑71 (MQ=255) cTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGc < 1:187210/49‑1 (MQ=255) cTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGt < 1:3819907/70‑1 (MQ=255) ttGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTa < 1:77973/59‑1 (MQ=255) tGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCtttctttc > 1:3409323/1‑43 (MQ=255) tGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTggg > 1:861113/1‑71 (MQ=255) gCAAACCAGATGGTAATTTAATGATGATGAACGctttcttt > 1:3852097/1‑41 (MQ=255) gCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGctttc > 1:2885171/1‑38 (MQ=255) gCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGcttt > 1:2428302/1‑37 (MQ=255) gCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCtttctttc > 1:3458382/1‑42 (MQ=255) cAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCtt < 1:1207035/55‑1 (MQ=255) aaCCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGgttgt < 1:261813/71‑1 (MQ=255) aCCAGATGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCaa > 1:1519478/1‑44 (MQ=255) ccAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCaa > 1:302049/1‑43 (MQ=255) ccAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTc < 1:1645944/71‑1 (MQ=255) ccAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTc < 1:2046493/71‑1 (MQ=255) cAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAAt < 1:78514/43‑1 (MQ=255) aGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGTCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTc < 1:3344693/69‑1 (MQ=255) aGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCt < 1:4465103/57‑1 (MQ=255) aGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTc < 1:298842/69‑1 (MQ=255) aGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTCta < 1:3696353/71‑1 (MQ=255) aGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTCta < 1:176666/71‑1 (MQ=255) gACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTggg > 1:825925/1‑62 (MQ=255) gACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTCtat < 1:4555993/71‑1 (MQ=255) aCGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTCtata < 1:533665/71‑1 (MQ=255) cGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTtataccg > 1:168562/1‑68 (MQ=255) cGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTCtata < 1:2137362/70‑1 (MQ=255) | TTAAGGAGATTCGTAAGATATCAGCCACTATACCGATATAAATAATAAGACTCACTTGCAAACCAGACGGTAATTTAATGATGATGAACGCTTTCTTTCCGGCAATGGCGCTTATGGTGCTAGTGGGTTGTTCTATAC > minE/2572934‑2573071 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |